企业所得税汇算清缴日常工作中经常会遇到的疑难问题主要有：
一、应调增未调增应纳税所得
1．视同销售取得的收入未调增应纳税所得。
视同销售取得的收入在会计上一般不确认为会计收入，但对照《实施条例》第二十五条规定，应当视同销售货物的非货币性资产交换，以及用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的货物、财产、劳务，应计入当期的应税收入。而在所得税汇算清缴实际工作中，不少企业对记入营业费用的交客户试用的产品、以及将产品发给职工作为福利和记入应付福利费的劳保费用，都没有调增应纳税所得。
2．企业为投资者或者职工支付的商业保睑费以及超标准支出的财产保险等保险费，未调增应纳税所得。按《实施条例》有关规定，企业为投资者或者职工支付的商业保险费以及超标准支出的财产保险等保险费，就应调增应纳税所得，而一些企业没有调增。
3．超过规定标准发生的利息费用未调增应纳税所得。
实务中有三种错误表现：
（1）向非金融企业借款超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的利息费用，未调增应纳税所得；
（2）在生产经营活动中发生的需要资本化的利息费用，未调增应纳税所得；
（3）从其关联方接受的债权性投资与其权益性投资比例超过规定标准发生的利息费用未调增应纳税所得。
4．不符合条件的广告赞和业务宣传费支出来调增应纳税所得。对不符合条件的广告费和业务宣传费支出，如企业发生的与生产经营活动无关的非广告性质的赞助支出，就不能扣除，就应调增应纳税所得。
5．不合规的企业之间各种支出未调增应纳税所得。企业之间支付的管理费、租金、利息和特许权使用费等，都要调增应纳税所得，而一些企业没有调增应纳税所得。
6．因发生损失收取的责任人赔偿和保险赔款未调增应纳税所得。企业发生损失，对已作为损失处理后又收回的责任人赔偿和保险赔款，也应作为计税收入，调增应纳税所得，可有些企业在汇算清缴中也未能调增应纳税所得。还有些企业对已经作为损失处理的资产，在以后纳税年度又全部或者部分收回的，也未能作为收入调增应纳税所得。
二、应调减未调减应纳税所得
1. 不应扣除的成本费用未调整应纳税所得。
一是以不合规票据列支的成本费用未能调整应纳税所得。实务中，有些企业经常以“无抬头”、“抬头名称不是本企业”、“抬头为个人”或以前年度发票为依据列支成本费用，这些成本费用违反了税法所要求的真实性原则，应当调整应纳税所得，而在实际工作中未调整应纳税所得。
二是因核算不正确或不准确而多结转的成本费用未调整应纳税所得。如一些企业随意改变成本核算、成本结转方法，以致于违反会计准则多结转生产成本费用，按照税法规定，这些多结转的生产成本费用就不能扣除，就应调整应纳税所得，而在实际操作中没有调整应纳税所得。
三是未实际发放的工资未调整应纳税所得。依照税法规定，可以在企业所得税税前扣除的工资应当是企业已实际发放且属于合理的工资，而那些未实际发放，如一些企业计提未发给职工的工资，就应调整应纳税所得，可在现实中不少企业就没有调整应纳税所得。
2。权益性投资所得未按规定调整应纳税所得。
一种情形是符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，来按规定调整应纳税所得。
另一种情形是在中国境内设立机构场所的非居民企业从居民企业取得与该机构场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，未按规定调整应纳税所得。
3。从事农、林、牧、渔业项目的所得未调减应纳税所得。
就是一些企业将全额调减与减半调减相混淆。按税法规定，企业从事下列项目（①蔬菜、谷物等的种植；②农作物新品种的选育；③中药材的种植；④林木的培育和种植；⑤牲畜、家禽的饲养；⑥林产品的采集；⑦农、林、牧、渔服务业项目；⑧远洋捕捞）的所得，应全额调减应纳税所得，而有的企业减半调减；也有一些企业对从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；海水养殖、内陆养殖项目的所得，应减半调减应纳税所得，而一些企业则是全额调减。
4. 从事国家重点扶持的公共基础设施项目的所得未按规定调减应纳税所得
如企业从事《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目的投资经营所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年应全额调减应纳税所得，第四年至第六年应减半调减应纳税所得，而不少企业在汇算清缴中却是全额调减。
5.从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得未按规定调减应纳税所得。
一些企业从事符合国家所明确规定的公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等项目的具体条件和范围的所得，按税法规定，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年可全额调减应纳税所得，第四年至第六年只能减半调减应纳税所得，而有些企业在第四年至第六年仍然全额调减应纳税所得。
6. 符合条件的技术转让所得未按规定调减应纳税所得。
按税法规定，一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，应全额调减应纳税所得；超过500万元的部分，只能减半调减应纳税所得，可一些企业却是全额调减应纳税所得。
7.加计扣除事项未按规定调减应纳税所得。
一种情况是企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实调减应纳税所得的基础上，不是按照研究开发费用的50%加计调减应纳税所得；形成无形资产的，不是按照无形资产成本的150%摊销；另一种情况是企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实调减应纳税所得的基础上，不是按照支付给残疾职工工资的100%加计调减应纳税所得。
8.创投企业未按规定调减应纳税所得。
少数创投企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，不是按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额，而是按照其投资额的80%或更多甚至于全额调减应纳税所得。
9.资源综合利用所得未按规定调减应纳税所得。
企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料，且该原材料占生产产品材料的比例不低于《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定标准的，生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入，应减按90%计入收入总额，而在实务中有些企业不是未减按90%比例计入收入总额，就是原材料占生产产品材料的比例低于《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的标准，仍然减按90%计入收入总额。
三、资产类项目调整不当
1．资产类项目的计税基础确定不当未进行调整。
按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，是能够在税收上得到补偿的，反之，不按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，就不能够在税收上得到补偿，即不能在税前扣除，因此，在汇算清缴中对不按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，就要进行调整
而在实务中计税基础确定不当的情形常有以下三种：
一是自行建造的固定资产，未以竣工结算前发生的支出为计税基础，如将竣工结算后发生的借款利息等也列入计税基础之中；
二是通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，未以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础，而是以自行确定的或以双方合同确定的价值，以及支付的相关税费为计税基础；
三是外购的无形资产，应以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础，而有些企业将不直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出，如将购置前为引入新产品进行宣传发生的广告费、管理费用以及其他间接费用也计入计税基础之中，还有的企业还将无形资产已达到预定用途以后发生的费用。例如，在形成预定经济规模之前发生的初始运作损失，以及在无形资产达到预定用途之后发生的其他经营活动的支出，也计入无形资产成本，以扩大无形资产的计税基础，从而多计摊销，少计应纳税所得。
2．计提的固定资产折旧或无形资产摊销不当未进行纳税调整。
（1）固定资产应按直线法计提折旧，而实务中，有些企业对一些新购的较大数额的固定资产，未经主管税务机关批准，就按双倍余额递减法或按年数总和法等加速折旧的方法计提折旧，在汇算清缴中也不进行纳税调整
(2）计提的固定资产折旧或无形资产摊销与其计税基础不相对应的未进行纳税调整。这主要指一些企业在当年购买了一项固定资产或无形资产，并在其投入使用月份的次月起计提了折旧或摊销，但年终前未能取得相关发票，则该项固定资产或无形资产的计税基础应为零，即税前列支的折旧或摊销也应为零，企业就要对计提的折旧或摊销，进行纳税调整，而现实中不少企业就没有进行纳税调整。
3．未经批准的资产损失支出未进行纳税调整。
资产损失包括：现金损失、存款损失、坏账损失、贷款损失、股权投资损失、固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失、自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。同时，按照国税发[2009]88号文件规定，企业实际发生的资产损失按税务管理方式可分为自行计算扣除的资产损失和须经税务机关审批后才能扣除的资产损失两大类。上述规定表明，企业经营发生的资产损失并非全部能够自行计算扣除，部分资产损失须经税务机关审批后方可列支，因此，对于那些须经税务机关审批，但未获得批准即未取得批文的资产损失列支，就要进行纳税调整。
企业所得税汇算清缴日常工作中经常会遇到的疑难问题主要有：
一、应调增未调增应纳税所得
1．视同销售取得的收入未调增应纳税所得。
视同销售取得的收入在会计上一般不确认为会计收入，但对照《实施条例》第二十五条规定，应当视同销售货物的非货币性资产交换，以及用于捐赠、偿债、赞助、集资、广告、样品、职工福利或者利润分配等用途的货物、财产、劳务，应计入当期的应税收入。而在所得税汇算清缴实际工作中，不少企业对记入营业费用的交客户试用的产品、以及将产品发给职工作为福利和记入应付福利费的劳保费用，都没有调增应纳税所得。
2．企业为投资者或者职工支付的商业保睑费以及超标准支出的财产保险等保险费，未调增应纳税所得。按《实施条例》有关规定，企业为投资者或者职工支付的商业保险费以及超标准支出的财产保险等保险费，就应调增应纳税所得，而一些企业没有调增。
3．超过规定标准发生的利息费用未调增应纳税所得。
实务中有三种错误表现：
（1）向非金融企业借款超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的利息费用，未调增应纳税所得；
（2）在生产经营活动中发生的需要资本化的利息费用，未调增应纳税所得；
（3）从其关联方接受的债权性投资与其权益性投资比例超过规定标准发生的利息费用未调增应纳税所得。
4．不符合条件的广告赞和业务宣传费支出来调增应纳税所得。对不符合条件的广告费和业务宣传费支出，如企业发生的与生产经营活动无关的非广告性质的赞助支出，就不能扣除，就应调增应纳税所得。
5．不合规的企业之间各种支出未调增应纳税所得。企业之间支付的管理费、租金、利息和特许权使用费等，都要调增应纳税所得，而一些企业没有调增应纳税所得。
6．因发生损失收取的责任人赔偿和保险赔款未调增应纳税所得。企业发生损失，对已作为损失处理后又收回的责任人赔偿和保险赔款，也应作为计税收入，调增应纳税所得，可有些企业在汇算清缴中也未能调增应纳税所得。还有些企业对已经作为损失处理的资产，在以后纳税年度又全部或者部分收回的，也未能作为收入调增应纳税所得。
二、应调减未调减应纳税所得
1. 不应扣除的成本费用未调整应纳税所得。
一是以不合规票据列支的成本费用未能调整应纳税所得。实务中，有些企业经常以“无抬头”、“抬头名称不是本企业”、“抬头为个人”或以前年度发票为依据列支成本费用，这些成本费用违反了税法所要求的真实性原则，应当调整应纳税所得，而在实际工作中未调整应纳税所得。
二是因核算不正确或不准确而多结转的成本费用未调整应纳税所得。如一些企业随意改变成本核算、成本结转方法，以致于违反会计准则多结转生产成本费用，按照税法规定，这些多结转的生产成本费用就不能扣除，就应调整应纳税所得，而在实际操作中没有调整应纳税所得。
三是未实际发放的工资未调整应纳税所得。依照税法规定，可以在企业所得税税前扣除的工资应当是企业已实际发放且属于合理的工资，而那些未实际发放，如一些企业计提未发给职工的工资，就应调整应纳税所得，可在现实中不少企业就没有调整应纳税所得。
2。权益性投资所得未按规定调整应纳税所得。
一种情形是符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，来按规定调整应纳税所得。
另一种情形是在中国境内设立机构场所的非居民企业从居民企业取得与该机构场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，未按规定调整应纳税所得。
3。从事农、林、牧、渔业项目的所得未调减应纳税所得。
就是一些企业将全额调减与减半调减相混淆。按税法规定，企业从事下列项目（①蔬菜、谷物等的种植；②农作物新品种的选育；③中药材的种植；④林木的培育和种植；⑤牲畜、家禽的饲养；⑥林产品的采集；⑦农、林、牧、渔服务业项目；⑧远洋捕捞）的所得，应全额调减应纳税所得，而有的企业减半调减；也有一些企业对从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；海水养殖、内陆养殖项目的所得，应减半调减应纳税所得，而一些企业则是全额调减。
4. 从事国家重点扶持的公共基础设施项目的所得未按规定调减应纳税所得
如企业从事《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目的投资经营所得，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年应全额调减应纳税所得，第四年至第六年应减半调减应纳税所得，而不少企业在汇算清缴中却是全额调减。
5.从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得未按规定调减应纳税所得。
一些企业从事符合国家所明确规定的公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等项目的具体条件和范围的所得，按税法规定，自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年可全额调减应纳税所得，第四年至第六年只能减半调减应纳税所得，而有些企业在第四年至第六年仍然全额调减应纳税所得。
6. 符合条件的技术转让所得未按规定调减应纳税所得。
按税法规定，一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，应全额调减应纳税所得；超过500万元的部分，只能减半调减应纳税所得，可一些企业却是全额调减应纳税所得。
7.加计扣除事项未按规定调减应纳税所得。
一种情况是企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实调减应纳税所得的基础上，不是按照研究开发费用的50%加计调减应纳税所得；形成无形资产的，不是按照无形资产成本的150%摊销；另一种情况是企业安置残疾人员的，在按照支付给残疾职工工资据实调减应纳税所得的基础上，不是按照支付给残疾职工工资的100%加计调减应纳税所得。
8.创投企业未按规定调减应纳税所得。
少数创投企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，不是按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额，而是按照其投资额的80%或更多甚至于全额调减应纳税所得。
9.资源综合利用所得未按规定调减应纳税所得。
企业以《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的资源作为主要原材料，且该原材料占生产产品材料的比例不低于《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定标准的，生产国家非限制和禁止并符合国家和行业相关标准的产品取得的收入，应减按90%计入收入总额，而在实务中有些企业不是未减按90%比例计入收入总额，就是原材料占生产产品材料的比例低于《资源综合利用企业所得税优惠目录》规定的标准，仍然减按90%计入收入总额。
三、资产类项目调整不当
1．资产类项目的计税基础确定不当未进行调整。
按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，是能够在税收上得到补偿的，反之，不按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，就不能够在税收上得到补偿，即不能在税前扣除，因此，在汇算清缴中对不按税法规定确定的资产类项目的计税基础金额，就要进行调整
而在实务中计税基础确定不当的情形常有以下三种：
一是自行建造的固定资产，未以竣工结算前发生的支出为计税基础，如将竣工结算后发生的借款利息等也列入计税基础之中；
二是通过捐赠、投资、非货币性资产交换、债务重组等方式取得的固定资产，未以该资产的公允价值和支付的相关税费为计税基础，而是以自行确定的或以双方合同确定的价值，以及支付的相关税费为计税基础；
三是外购的无形资产，应以购买价款和支付的相关税费以及直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出为计税基础，而有些企业将不直接归属于使该资产达到预定用途发生的其他支出，如将购置前为引入新产品进行宣传发生的广告费、管理费用以及其他间接费用也计入计税基础之中，还有的企业还将无形资产已达到预定用途以后发生的费用。例如，在形成预定经济规模之前发生的初始运作损失，以及在无形资产达到预定用途之后发生的其他经营活动的支出，也计入无形资产成本，以扩大无形资产的计税基础，从而多计摊销，少计应纳税所得。
2．计提的固定资产折旧或无形资产摊销不当未进行纳税调整。
（1）固定资产应按直线法计提折旧，而实务中，有些企业对一些新购的较大数额的固定资产，未经主管税务机关批准，就按双倍余额递减法或按年数总和法等加速折旧的方法计提折旧，在汇算清缴中也不进行纳税调整
(2）计提的固定资产折旧或无形资产摊销与其计税基础不相对应的未进行纳税调整。这主要指一些企业在当年购买了一项固定资产或无形资产，并在其投入使用月份的次月起计提了折旧或摊销，但年终前未能取得相关发票，则该项固定资产或无形资产的计税基础应为零，即税前列支的折旧或摊销也应为零，企业就要对计提的折旧或摊销，进行纳税调整，而现实中不少企业就没有进行纳税调整。
3．未经批准的资产损失支出未进行纳税调整。
资产损失包括：现金损失、存款损失、坏账损失、贷款损失、股权投资损失、固定资产和存货的盘亏、毁损、报废、被盗损失、自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。同时，按照国税发[2009]88号文件规定，企业实际发生的资产损失按税务管理方式可分为自行计算扣除的资产损失和须经税务机关审批后才能扣除的资产损失两大类。上述规定表明，企业经营发生的资产损失并非全部能够自行计算扣除，部分资产损失须经税务机关审批后方可列支，因此，对于那些须经税务机关审批，但未获得批准即未取得批文的资产损失列支，就要进行纳税调整。