新企业所得税纳税申报主表以会计核算为基础，以税法规定为标准进行间接纳税调整，即在利润总额的基础上通过纳税调整，确定年度应税所得额。按权益法核算的长期股权投资收益和税法上确认的投资收益并不一致，在计算应税所得额时，应对权益法下核算的长期股权投资收益进行纳税调整。
一、对初始投资成本调整确认收益的调整
权益法核算下企业取得的长期股权投资，初始投资成本小于取得投资时应享有的被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，应对长期股权投资账面价值进行调整，计入取得投资当期的损益。而企业所得税法规定企业对外进行权益性投资，通过支付现金取得的投资资产，以购买价为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该项资产的公允价值和支付的相关税费为成本；初始投资成本小于被投资单位净资产公允价值的部分不计入计税所得额，计算所得税时应作纳税调整调减项目处理。
例如:甲企业于2008年1月取得对乙企业40%的股权，支付价款1500万元，取得被投资单位净资产公允价值4000万元；甲企业对该项投资采用权益法核算；长期股权投资的初始成本1500万元小于取得投资时应享有被投资单位可辨认的净资产公允价值1600万，差额100万元在会计核算作为营业外收入处理，计算应纳所得税时，纳税调整减少金额100万元。
二、持有期间投资损益的调整
企业取得长期股权投资，采用权益法核算，按照应享有或应分担被投资单位实现的净利润或发生的净亏损份额，调整长期股权投资的账面价值，并确认为当期损益。而在计算所得税时，这部分投资收益并不计入应税所得额；被投资单位发生的损失，按税法规定由被投资单位进行弥补，投资单位不得将权益法下确认的投资损失在所得税前扣除，因此需要做纳税调整处理。
例如:A公司2008年12月取得B公司40%的股权，采用权益法核算；B公司2009年实现净利润3000万元；A公司按持股比例应享有被投资单位净利润1200万元，在会计核算上贷记投资收益；但是该项投资收益按税法规定并不计入应税所得纳税，因此计算纳税时应调减应税所得额1200万元；如果B公司2007年亏损3000万元，会计核算上借记投资收益，因该项投资损失不能在税前扣除，故纳税调增增加额1200万元。
三、从被投资单位分得现金股利或利润的调整
从被投资单位分得现金股利或利润未超过已确认投资收益，应借记应收股利，贷记长期股权投资—损益调整处理，不计入当期损益；从被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认投资收益部分，但未超过投资以后被投资单位实现的账面净利润中应享有的份额，应作为投资收益处理；自被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认的投资收益，同时也超过了投资后被投资单位实现的账面净利润中按持股比例应享有的那部分，作为投资成本的收回，冲减长期股权投资—损益调整、投资成本等。无论上述哪一种情况，计算企业所得税，都应将不作投资收益处理的应收股利或利润作纳税调整增加额处理。
例如:2007年1月甲公司取得乙公司40%的股份，按照权益法核算长期股权投资；2007年乙公司实现净利润4000万元，年初未分配利润为贷方2000万元，2007年度分配利润3000万元；甲企业应收股利或利润1200万元,因为在会计核算上没有计入投资收益或利润总额，计算所得税时纳税调整增加金额1200万元；如果2007年被投资单位分配利润5000万元，甲企业应分得的利润2000万元，超出已确认的投资收益1600万元，但未超过自投资后被投资单位实现的账面利润中本企业应享有的份额。甲公司应分得的利润超出投资收益部分400万元已作投资收益处理，因此纳税调增金额是1600万元。
四、转让长期股权投资取得投资损益的纳税调整
转让长期股权投资取得的收益或损失，应计入当期损益处理。由于税法与会计准则对投资成本认定的标准不同，因此在转让长期股权投资时，按照税法规定确认的股权投资转让收益或损失与按照会计准则确认的转让股权收益或损失存在一定差异，此种差异实质上是长期股权投资账面价值与计税基础之间的差异，申报所得税时应对股权投资转让损益进行纳税调整。
例如:A公司2006年12月以现金资产6000万元取得B公司40%的股份，并采用权益法核算；A公司2006年12月31日长期股权投资面价值6000万元，2007年度B公司实现净利润2000万元，A公司按持股比例应享有B公司实现净利润部分800万元已按规定做投资收益处理，并调整了2007年长期股权投资账面价值2008年2月A公司将持有B公司40%的股份全部转让，取得收入7000万元。转让股权时A公司股权投资账面价值6800万元，股权投资计税基础600037元；应计入当期损益的股权投资转让收益200万元，而计入当期应税所得的股权投资转让收益是1000万元；按税法确认的收益与会计上确认的收益相差80037元（股权投资计税成本与股权投资账面价值的差异），应作纳税调增项目增加额800万元。如果B公司2007年亏损2000万元，则A公司在会计核算上确认投资损失800万元；A公司股权投资账面价值是5200万元，股权投资计税基础6000万元；会计上确认的投资转让收益1800万元，税法上确认的投资转让所得1000万元，纳税调整减少额800万
新企业所得税纳税申报主表以会计核算为基础，以税法规定为标准进行间接纳税调整，即在利润总额的基础上通过纳税调整，确定年度应税所得额。按权益法核算的长期股权投资收益和税法上确认的投资收益并不一致，在计算应税所得额时，应对权益法下核算的长期股权投资收益进行纳税调整。
一、对初始投资成本调整确认收益的调整
权益法核算下企业取得的长期股权投资，初始投资成本小于取得投资时应享有的被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，应对长期股权投资账面价值进行调整，计入取得投资当期的损益。而企业所得税法规定企业对外进行权益性投资，通过支付现金取得的投资资产，以购买价为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该项资产的公允价值和支付的相关税费为成本；初始投资成本小于被投资单位净资产公允价值的部分不计入计税所得额，计算所得税时应作纳税调整调减项目处理。
例如:甲企业于2008年1月取得对乙企业40%的股权，支付价款1500万元，取得被投资单位净资产公允价值4000万元；甲企业对该项投资采用权益法核算；长期股权投资的初始成本1500万元小于取得投资时应享有被投资单位可辨认的净资产公允价值1600万，差额100万元在会计核算作为营业外收入处理，计算应纳所得税时，纳税调整减少金额100万元。
二、持有期间投资损益的调整
企业取得长期股权投资，采用权益法核算，按照应享有或应分担被投资单位实现的净利润或发生的净亏损份额，调整长期股权投资的账面价值，并确认为当期损益。而在计算所得税时，这部分投资收益并不计入应税所得额；被投资单位发生的损失，按税法规定由被投资单位进行弥补，投资单位不得将权益法下确认的投资损失在所得税前扣除，因此需要做纳税调整处理。
例如:A公司2008年12月取得B公司40%的股权，采用权益法核算；B公司2009年实现净利润3000万元；A公司按持股比例应享有被投资单位净利润1200万元，在会计核算上贷记投资收益；但是该项投资收益按税法规定并不计入应税所得纳税，因此计算纳税时应调减应税所得额1200万元；如果B公司2007年亏损3000万元，会计核算上借记投资收益，因该项投资损失不能在税前扣除，故纳税调增增加额1200万元。
三、从被投资单位分得现金股利或利润的调整
从被投资单位分得现金股利或利润未超过已确认投资收益，应借记应收股利，贷记长期股权投资—损益调整处理，不计入当期损益；从被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认投资收益部分，但未超过投资以后被投资单位实现的账面净利润中应享有的份额，应作为投资收益处理；自被投资单位取得的现金股利或利润超过已确认的投资收益，同时也超过了投资后被投资单位实现的账面净利润中按持股比例应享有的那部分，作为投资成本的收回，冲减长期股权投资—损益调整、投资成本等。无论上述哪一种情况，计算企业所得税，都应将不作投资收益处理的应收股利或利润作纳税调整增加额处理。
例如:2007年1月甲公司取得乙公司40%的股份，按照权益法核算长期股权投资；2007年乙公司实现净利润4000万元，年初未分配利润为贷方2000万元，2007年度分配利润3000万元；甲企业应收股利或利润1200万元,因为在会计核算上没有计入投资收益或利润总额，计算所得税时纳税调整增加金额1200万元；如果2007年被投资单位分配利润5000万元，甲企业应分得的利润2000万元，超出已确认的投资收益1600万元，但未超过自投资后被投资单位实现的账面利润中本企业应享有的份额。甲公司应分得的利润超出投资收益部分400万元已作投资收益处理，因此纳税调增金额是1600万元。
四、转让长期股权投资取得投资损益的纳税调整
转让长期股权投资取得的收益或损失，应计入当期损益处理。由于税法与会计准则对投资成本认定的标准不同，因此在转让长期股权投资时，按照税法规定确认的股权投资转让收益或损失与按照会计准则确认的转让股权收益或损失存在一定差异，此种差异实质上是长期股权投资账面价值与计税基础之间的差异，申报所得税时应对股权投资转让损益进行纳税调整。
例如:A公司2006年12月以现金资产6000万元取得B公司40%的股份，并采用权益法核算；A公司2006年12月31日长期股权投资面价值6000万元，2007年度B公司实现净利润2000万元，A公司按持股比例应享有B公司实现净利润部分800万元已按规定做投资收益处理，并调整了2007年长期股权投资账面价值2008年2月A公司将持有B公司40%的股份全部转让，取得收入7000万元。转让股权时A公司股权投资账面价值6800万元，股权投资计税基础600037元；应计入当期损益的股权投资转让收益200万元，而计入当期应税所得的股权投资转让收益是1000万元；按税法确认的收益与会计上确认的收益相差80037元（股权投资计税成本与股权投资账面价值的差异），应作纳税调增项目增加额800万元。如果B公司2007年亏损2000万元，则A公司在会计核算上确认投资损失800万元；A公司股权投资账面价值是5200万元，股权投资计税基础6000万元；会计上确认的投资转让收益1800万元，税法上确认的投资转让所得1000万元，纳税调整减少额800万