生化分析
二.本课的重要性
1.二十世纪――物理的世纪 一.本课名称: 生物化学分析 分析生物化学
原子理论、量子力学、相对论
原子能、半导体、计算机、激光技术
2.分析化学——“分析科学”
多学科综合性交叉学科:
物理、电子、光学技术、计算机、生物、材料等
分析化学中物理内容越来越多:紫外、红外、核磁、
质谱、色谱、原子吸收、发射、荧光
纯化学?:四大平衡
“不管你信不信,化学正在走出分析化学” “不管你信不信,化学正在走回分析化学”
3.二十一世纪――生命科学世纪
二十世纪末(如基因组计划)已经能看出生命科学世纪的苗头:蛋白组、基因组、转基因、克隆
生物体――神奇之地,充满奥妙、未解之谜:自组织、人与机器人的对比
人类广阔的未知领域越来越集中于与生物有关的领域 趋势
4.新世纪的分析化学:
应用领域:工业、农业、采矿、冶金、环境、医药、卫生、食品,与生物有关的研究内容比例增加
原因:简单的问题解决了
生物体因其复杂性——未解之谜
分析化学向生物领域靠拢
生物科学离不了分析化学
分析化学在生命科学领域中,起到“眼睛”的重要作用
分析化学的作用举例:
(1)基因组计划
90年订计划 30亿$ 15年
完成全部人类基因组基因测序
98年中期检查 完成6%
原因:不重视测序方法研究
经典方法:平板电泳速度慢 分析方法成为瓶颈
对策:投资 1亿$用于方法研究 2000年基本完成(提前5年)
所用技术阵列毛细管电泳测序技术 (PE 公司)
Dovichi -分析化学技术
Kambara——日立公司
Nobel化学奖?
(2) 医药领域
医院临床检验很大一部分是生化分析
全世界:十亿次化验/天
(3) 人工胰 治疗糖尿病
传感器监测血糖变化是关键,分析仪器,关键作用
(4) 2002 Nobel化学奖 田中耕一 大分子质谱
生命科学
复杂、充满未知——充满机遇、充满挑战、大有可为
“生命分析化学” 重要作用,关键作用
5.学习本课的意义
很多分析化学专业同学毕业论文工作与生物有关
三. 本课主讲人
分析化学背景
药物分析学博士
自学生物化学知识
工作中接触过一些生化内容
能力有限,共同学习,希望有所启示
四.本课教材
找不到合适
原因:1.领域发展很快,来不及编写
2.老教材
重分析轻生化:=仪器分析 生化味淡
重生化轻分析:叙述多(操作规程),未与分析化学相管关连,生化思路:“不讲理”,看不懂,用不上
英文教材:还可以,也不是很理想,没有其它办法 ——分两部分 ――前部 分析方法
――后部 生化物质的测定
——优点:全、新、简 按分析化学思路,生化味浓 ——缺点:英文;有些未讲到, 要参考其它书(生物化学、FIA )
——内容:不全讲,时间不够
——酶分析、免疫分析,氨基酸,蛋白质、核酸
第一章 酶分析法
Enzyme assay methods
第一节 酶学基础
一. 定义:酶是由生物体活细胞生成的具有选择性催化能力的蛋白质
二. 作用:生物催化剂
生长. 发育. 繁殖 合成. 分解. 氧化. 还原
如果没有酶, 生命就不复存在!
为什么?有机反应:加热,加压,副反应多,时间长
三. 特点:
1. 催化效率高
比非酶催化剂通常高10-10
如过氧化氢酶 催化H 2O 2分解 1min 5×10mol >10倍 Fe3+ 610613催化H 2O 2分解 1min 6×10mol -4
2. 高度专一性(选择性)
酶的催化作用物—底物(substrate )
(1) 相对专一性——对一类物质底物, 如淀粉水解酶. 氨
基酸氧化酶
(2) 绝对专一性---一对一, 单一底物. 如葡萄糖氧化酶
(3) 立体专一性---对立体结构, 立体结构底物, 如L-氨基
酸氧化酶,L 型,D 型
3. 酶催化反应条件温和
通常:常温. 常压, 近中性
4. 酶催化活性受多种因素调控
归纳:催化特点:高效, 专一, 温和, 可调
四. 化学组成与结构
1. 组成
酶
= 酶蛋白 + 辅助因子辅基
conjugated protein cofactor
有催化活性 无 无
2. 结构
蛋白酶-蛋白质. (氨基酸-肽健-多肽-蛋白质)分子量>10000 真正起催化作用的----酶的活性中心, 体积很小
十几——几十氨基酸残基
五. 酶的催化机理-----至今尚未完全清楚
1.酶的基本催化机理---降低反应活化能
2.催化过程:
酶活性中心+底物---酶—底物中间复合物导致反应加速 活性中心(凹区)
结合部位---专一结合作用
催化部位---催化作用
——如何催化: 应力变形效应
诱导电荷变化效应 浓集定向效应
催化反应式 酶 底物 复合物 产物
钥匙一锁模型
六. 分类.
按催化反应类型
1. 氧化还原酶(Oxidoreductases ) H.O.电子转移
2. 转移酶(Transferases )官能团转移
3. 水解酶(Hydrolases )AB+H2O=AOH+BH
4. 裂合酶(Lyase )[Laieis]专基因或双健
5. 异构酶(lsomerases )同分异构互变
6. 连接酶(Ligases )
七. 命名
1. 习惯命名 葡萄糖氧化酶, 乳酸脱氢酶, 胃蛋白酶(水解酶)
2. 国际命名. 不会有重名
1961,国际酶学会议
如:L-氨基酸氧化酶----EC1.4.3.2
八. 有关酶活性的基础知识
(一) 酶活性的概念
1. 定义
酶活性 = 酶的催化活性
= 催化能力
=(催化)酶促反应速度
= 单位时间底物减少或产物增加
即:酶活性高---催化能力强 定性表达
酶活性低---催化能力弱
2. 酶活性单位 人为规定的量化单位
① 惯用单位
方法作者, 自己规定或应用传统
——特定条件下, 单位时间生成一定量产物
——特点:不归一, 不同酶之间难以比较
② 国际单位(International Unit,IU)
1961年,国际生化学会酶学委员会建议:在规定的实验条
件下, 每分钟催化1µmol 底物的酶量为1IU 。
25℃,最适pH ,底物浓度[S]
1965年,规定25---30℃ 1972年取消温度要求
1976年,在特定条件下(specified condition),每分
钟转化1µmol 底物的酶量为1IU 。 (较普遍的定义)
③1972年, 国际酶学委员会; 新单位 Katal(催量) 在最适条件下每秒钟催化1 mol 底物发生反应酶量。 单位太大, 常用 µkatal
1 katal=60×10IU
1 IU=1/60 µkatal
逐步过渡
3. 酶的比活性(specific activity)
—对酶试剂而言, 单位质量蛋白质(mg )所具有的酶活性 —(IU/mg)
—衡量酶试剂纯度的指标
—比活性下降, 纯度下降
4. 周转数(turnover number)
——单位时间内每分子酶转换底物的分子数
—一一般酶周转数50-105 min 1-2个/s
——最高碳酸酶 每秒10个
——理想的酶活性指标
5.酶含量
——实际浓度 摩尔mol/L 质量g/L
——活性浓度 IU/L特点:不管实际浓度含量, 只看最后催化效果
——示例: 1g/L酶1min 催化1µmol 底物
5-1 6
100g/L酶1min 催化100µmol 底物
——同一种酶 同样mol/L应有同样IU/L, mol/L增一倍,IU/L增一倍
——反过来不一定, IU/L相同, 不一定mol/L相同,可能相差很远 .由IU/L反推浓度不可
——理想情况:知摩尔, 质量浓度,
又知单分子酶的催化活性(周转数)
比较不同酶的活性单位
① 酶活性单位目的:
A:反应速度的度量
纯粹的反应速度度量---周转数
单位量酶, 在单位时间内. 催化的底物量 B:酶量的度量
② 酶的含量
A(理论) mol/l ,g/l
B(实际)IU/L U/L 含量以每g/ml酶制剂含多少个活性单位表示
C(酶制剂)IU/g U/g
酶量----通过酶活性间接表示出来,
酶的作用效果
③ 原因:目前活性浓度占主导, 摩尔质量浓度不常见,
——理由:酶蛋白难分离, 难定量, 难纯化制备
④ 注意: 酶分析法中,酶的含量测定=酶的活性测定, ——至少目前是如此
⑤由此, 引伸——生化分析与传统分析化学不同点
分析化学---标准溶液, 分析纯试剂
生物化学---生化试剂制剂 混合物 因分离困难
(要求)需要起作用的起作用, 不需要的不干扰
(二)影响酶活性(反应速度)的因素
1. 温度, 影响较大 两个因素起作用
① 升温——加速反应(增加分子运动)
② 升温——酶热变性失活
规律:10----30---40----50-----60----80----100 最适范围 开始变性 不可逆变性 (但不绝对)
100
80
R e l a t i v e A c t i v i t y (%) 6040
20
O Temperature C
2. 酸度pH
① pH 过高过低,蛋白质变性失活
② pH 中间部分,改变酶或底物解离状态
一般最适pH 在4.5---8
例外:胃蛋白酶pH 1.5 盐酸环境,仍具酶活性
3. 底物浓度----米氏方程
三阶段 近一级动力学——近似正比—[s]不足
混合动力学——正变—[s]稍过
近零级动力学——近不变—[s]过量
搬运工原理
一级动力学 正比 有多少[s]反应多少
混合动力学 正变 有多少[s]反应多少 s有点多 零级动力学 不变 有多少[s]反应多少 s足够. 过多
① 米氏方程 酶促反应速度----底物浓度关系曲线 V m —最大反应速度
Km —米氏常数,1/2Vm 对应的
[s]
产物 1913 Michaelis and Menten
V=Vm [s]/Km +[s] 米氏方程 米曼方程
反应速度----底物浓度 定量关系 ② 米氏常数 k m
—酶的特征常数 不同酶, k m 不同 —表示酶与底物的亲和力----物理意义
km 下降, 两者亲和力上升,反应速度上升 —实用意义:
A确定底物浓度
B不同酶鉴别依据
③ K m Vm 测定
求得一系列[s]---v数据
多种方法求得K m Vm
4. 激活剂activator
①定义:能提高酶活性的物质, 为激活剂
②种类:(1)无机离子:K Na Ca Mg Zn Fe H
(2)有机物:半胱氨酸 (看具体情况)
5.抑制剂inhibitor
①定义:能降低酶活性, 但并不引起酶蛋白变性的物质, 为抑制剂
②分类:可逆抑制剂—结合可逆, 可通过渗析可恢复
不可逆抑制剂—与酶蛋白共价结合, 不能通过渗析 恢复
③机理:
(1)竞争性抑制作用 competitive inhibition
抑制剂与底物结构相似, 不破坏酶,与底物竞争酶的活性点位
V m 不变, Km 增加
例:
二氢叶酸合成酶——底物:对氨基苯甲酸
++2+2+2+2++
二氢叶酸——细菌生长所需 ——人体亦需要,但不能自身合成,只能由外 界获得
磺胺(药物)——结构与对氨基苯甲酸相似,竞争抑制 剂,阻断细菌生长;人体不需要此酶, 因而药物无害
(2)非竞争抑制作用 non-competitive inhibition
抑制剂与底物结构不同, 结合点位不同, 但S-E-I 结合后不能分解,( V m 变, K m 不变)
(3)反竞争抑制作用 uncompetitive inhibition (V m 和 K m 齐下降)
④常见抑制剂
(1)有机汞, 有机砷, 抑制合巯基酶
(2)有机磷, (农药)抑制乙酰胆碱酯酶 催化乙酸胆碱(神经递质)水解
害虫体内乙酰胆碱如不能去除持续兴奋
(3)重金属 Ag Cu Hg Pb+2+2+2+
(4)氰化物 CO 生成络合物抑制
(5)药物 磺胺,青霉素
青霉素的作用:竞争抑制制造细菌细胞壁成份的酶 细菌不能合成完整细胞壁
人体没有合成细胞壁问题, 因而无害
生化分析
二.本课的重要性
1.二十世纪――物理的世纪 一.本课名称: 生物化学分析 分析生物化学
原子理论、量子力学、相对论
原子能、半导体、计算机、激光技术
2.分析化学——“分析科学”
多学科综合性交叉学科:
物理、电子、光学技术、计算机、生物、材料等
分析化学中物理内容越来越多:紫外、红外、核磁、
质谱、色谱、原子吸收、发射、荧光
纯化学?:四大平衡
“不管你信不信,化学正在走出分析化学” “不管你信不信,化学正在走回分析化学”
3.二十一世纪――生命科学世纪
二十世纪末(如基因组计划)已经能看出生命科学世纪的苗头:蛋白组、基因组、转基因、克隆
生物体――神奇之地,充满奥妙、未解之谜:自组织、人与机器人的对比
人类广阔的未知领域越来越集中于与生物有关的领域 趋势
4.新世纪的分析化学:
应用领域:工业、农业、采矿、冶金、环境、医药、卫生、食品,与生物有关的研究内容比例增加
原因:简单的问题解决了
生物体因其复杂性——未解之谜
分析化学向生物领域靠拢
生物科学离不了分析化学
分析化学在生命科学领域中,起到“眼睛”的重要作用
分析化学的作用举例:
(1)基因组计划
90年订计划 30亿$ 15年
完成全部人类基因组基因测序
98年中期检查 完成6%
原因:不重视测序方法研究
经典方法:平板电泳速度慢 分析方法成为瓶颈
对策:投资 1亿$用于方法研究 2000年基本完成(提前5年)
所用技术阵列毛细管电泳测序技术 (PE 公司)
Dovichi -分析化学技术
Kambara——日立公司
Nobel化学奖?
(2) 医药领域
医院临床检验很大一部分是生化分析
全世界:十亿次化验/天
(3) 人工胰 治疗糖尿病
传感器监测血糖变化是关键,分析仪器,关键作用
(4) 2002 Nobel化学奖 田中耕一 大分子质谱
生命科学
复杂、充满未知——充满机遇、充满挑战、大有可为
“生命分析化学” 重要作用,关键作用
5.学习本课的意义
很多分析化学专业同学毕业论文工作与生物有关
三. 本课主讲人
分析化学背景
药物分析学博士
自学生物化学知识
工作中接触过一些生化内容
能力有限,共同学习,希望有所启示
四.本课教材
找不到合适
原因:1.领域发展很快,来不及编写
2.老教材
重分析轻生化:=仪器分析 生化味淡
重生化轻分析:叙述多(操作规程),未与分析化学相管关连,生化思路:“不讲理”,看不懂,用不上
英文教材:还可以,也不是很理想,没有其它办法 ——分两部分 ――前部 分析方法
――后部 生化物质的测定
——优点:全、新、简 按分析化学思路,生化味浓 ——缺点:英文;有些未讲到, 要参考其它书(生物化学、FIA )
——内容:不全讲,时间不够
——酶分析、免疫分析,氨基酸,蛋白质、核酸
第一章 酶分析法
Enzyme assay methods
第一节 酶学基础
一. 定义:酶是由生物体活细胞生成的具有选择性催化能力的蛋白质
二. 作用:生物催化剂
生长. 发育. 繁殖 合成. 分解. 氧化. 还原
如果没有酶, 生命就不复存在!
为什么?有机反应:加热,加压,副反应多,时间长
三. 特点:
1. 催化效率高
比非酶催化剂通常高10-10
如过氧化氢酶 催化H 2O 2分解 1min 5×10mol >10倍 Fe3+ 610613催化H 2O 2分解 1min 6×10mol -4
2. 高度专一性(选择性)
酶的催化作用物—底物(substrate )
(1) 相对专一性——对一类物质底物, 如淀粉水解酶. 氨
基酸氧化酶
(2) 绝对专一性---一对一, 单一底物. 如葡萄糖氧化酶
(3) 立体专一性---对立体结构, 立体结构底物, 如L-氨基
酸氧化酶,L 型,D 型
3. 酶催化反应条件温和
通常:常温. 常压, 近中性
4. 酶催化活性受多种因素调控
归纳:催化特点:高效, 专一, 温和, 可调
四. 化学组成与结构
1. 组成
酶
= 酶蛋白 + 辅助因子辅基
conjugated protein cofactor
有催化活性 无 无
2. 结构
蛋白酶-蛋白质. (氨基酸-肽健-多肽-蛋白质)分子量>10000 真正起催化作用的----酶的活性中心, 体积很小
十几——几十氨基酸残基
五. 酶的催化机理-----至今尚未完全清楚
1.酶的基本催化机理---降低反应活化能
2.催化过程:
酶活性中心+底物---酶—底物中间复合物导致反应加速 活性中心(凹区)
结合部位---专一结合作用
催化部位---催化作用
——如何催化: 应力变形效应
诱导电荷变化效应 浓集定向效应
催化反应式 酶 底物 复合物 产物
钥匙一锁模型
六. 分类.
按催化反应类型
1. 氧化还原酶(Oxidoreductases ) H.O.电子转移
2. 转移酶(Transferases )官能团转移
3. 水解酶(Hydrolases )AB+H2O=AOH+BH
4. 裂合酶(Lyase )[Laieis]专基因或双健
5. 异构酶(lsomerases )同分异构互变
6. 连接酶(Ligases )
七. 命名
1. 习惯命名 葡萄糖氧化酶, 乳酸脱氢酶, 胃蛋白酶(水解酶)
2. 国际命名. 不会有重名
1961,国际酶学会议
如:L-氨基酸氧化酶----EC1.4.3.2
八. 有关酶活性的基础知识
(一) 酶活性的概念
1. 定义
酶活性 = 酶的催化活性
= 催化能力
=(催化)酶促反应速度
= 单位时间底物减少或产物增加
即:酶活性高---催化能力强 定性表达
酶活性低---催化能力弱
2. 酶活性单位 人为规定的量化单位
① 惯用单位
方法作者, 自己规定或应用传统
——特定条件下, 单位时间生成一定量产物
——特点:不归一, 不同酶之间难以比较
② 国际单位(International Unit,IU)
1961年,国际生化学会酶学委员会建议:在规定的实验条
件下, 每分钟催化1µmol 底物的酶量为1IU 。
25℃,最适pH ,底物浓度[S]
1965年,规定25---30℃ 1972年取消温度要求
1976年,在特定条件下(specified condition),每分
钟转化1µmol 底物的酶量为1IU 。 (较普遍的定义)
③1972年, 国际酶学委员会; 新单位 Katal(催量) 在最适条件下每秒钟催化1 mol 底物发生反应酶量。 单位太大, 常用 µkatal
1 katal=60×10IU
1 IU=1/60 µkatal
逐步过渡
3. 酶的比活性(specific activity)
—对酶试剂而言, 单位质量蛋白质(mg )所具有的酶活性 —(IU/mg)
—衡量酶试剂纯度的指标
—比活性下降, 纯度下降
4. 周转数(turnover number)
——单位时间内每分子酶转换底物的分子数
—一一般酶周转数50-105 min 1-2个/s
——最高碳酸酶 每秒10个
——理想的酶活性指标
5.酶含量
——实际浓度 摩尔mol/L 质量g/L
——活性浓度 IU/L特点:不管实际浓度含量, 只看最后催化效果
——示例: 1g/L酶1min 催化1µmol 底物
5-1 6
100g/L酶1min 催化100µmol 底物
——同一种酶 同样mol/L应有同样IU/L, mol/L增一倍,IU/L增一倍
——反过来不一定, IU/L相同, 不一定mol/L相同,可能相差很远 .由IU/L反推浓度不可
——理想情况:知摩尔, 质量浓度,
又知单分子酶的催化活性(周转数)
比较不同酶的活性单位
① 酶活性单位目的:
A:反应速度的度量
纯粹的反应速度度量---周转数
单位量酶, 在单位时间内. 催化的底物量 B:酶量的度量
② 酶的含量
A(理论) mol/l ,g/l
B(实际)IU/L U/L 含量以每g/ml酶制剂含多少个活性单位表示
C(酶制剂)IU/g U/g
酶量----通过酶活性间接表示出来,
酶的作用效果
③ 原因:目前活性浓度占主导, 摩尔质量浓度不常见,
——理由:酶蛋白难分离, 难定量, 难纯化制备
④ 注意: 酶分析法中,酶的含量测定=酶的活性测定, ——至少目前是如此
⑤由此, 引伸——生化分析与传统分析化学不同点
分析化学---标准溶液, 分析纯试剂
生物化学---生化试剂制剂 混合物 因分离困难
(要求)需要起作用的起作用, 不需要的不干扰
(二)影响酶活性(反应速度)的因素
1. 温度, 影响较大 两个因素起作用
① 升温——加速反应(增加分子运动)
② 升温——酶热变性失活
规律:10----30---40----50-----60----80----100 最适范围 开始变性 不可逆变性 (但不绝对)
100
80
R e l a t i v e A c t i v i t y (%) 6040
20
O Temperature C
2. 酸度pH
① pH 过高过低,蛋白质变性失活
② pH 中间部分,改变酶或底物解离状态
一般最适pH 在4.5---8
例外:胃蛋白酶pH 1.5 盐酸环境,仍具酶活性
3. 底物浓度----米氏方程
三阶段 近一级动力学——近似正比—[s]不足
混合动力学——正变—[s]稍过
近零级动力学——近不变—[s]过量
搬运工原理
一级动力学 正比 有多少[s]反应多少
混合动力学 正变 有多少[s]反应多少 s有点多 零级动力学 不变 有多少[s]反应多少 s足够. 过多
① 米氏方程 酶促反应速度----底物浓度关系曲线 V m —最大反应速度
Km —米氏常数,1/2Vm 对应的
[s]
产物 1913 Michaelis and Menten
V=Vm [s]/Km +[s] 米氏方程 米曼方程
反应速度----底物浓度 定量关系 ② 米氏常数 k m
—酶的特征常数 不同酶, k m 不同 —表示酶与底物的亲和力----物理意义
km 下降, 两者亲和力上升,反应速度上升 —实用意义:
A确定底物浓度
B不同酶鉴别依据
③ K m Vm 测定
求得一系列[s]---v数据
多种方法求得K m Vm
4. 激活剂activator
①定义:能提高酶活性的物质, 为激活剂
②种类:(1)无机离子:K Na Ca Mg Zn Fe H
(2)有机物:半胱氨酸 (看具体情况)
5.抑制剂inhibitor
①定义:能降低酶活性, 但并不引起酶蛋白变性的物质, 为抑制剂
②分类:可逆抑制剂—结合可逆, 可通过渗析可恢复
不可逆抑制剂—与酶蛋白共价结合, 不能通过渗析 恢复
③机理:
(1)竞争性抑制作用 competitive inhibition
抑制剂与底物结构相似, 不破坏酶,与底物竞争酶的活性点位
V m 不变, Km 增加
例:
二氢叶酸合成酶——底物:对氨基苯甲酸
++2+2+2+2++
二氢叶酸——细菌生长所需 ——人体亦需要,但不能自身合成,只能由外 界获得
磺胺(药物)——结构与对氨基苯甲酸相似,竞争抑制 剂,阻断细菌生长;人体不需要此酶, 因而药物无害
(2)非竞争抑制作用 non-competitive inhibition
抑制剂与底物结构不同, 结合点位不同, 但S-E-I 结合后不能分解,( V m 变, K m 不变)
(3)反竞争抑制作用 uncompetitive inhibition (V m 和 K m 齐下降)
④常见抑制剂
(1)有机汞, 有机砷, 抑制合巯基酶
(2)有机磷, (农药)抑制乙酰胆碱酯酶 催化乙酸胆碱(神经递质)水解
害虫体内乙酰胆碱如不能去除持续兴奋
(3)重金属 Ag Cu Hg Pb+2+2+2+
(4)氰化物 CO 生成络合物抑制
(5)药物 磺胺,青霉素
青霉素的作用:竞争抑制制造细菌细胞壁成份的酶 细菌不能合成完整细胞壁
人体没有合成细胞壁问题, 因而无害