1、根据当月已认证的增值税发票抵扣联和通过税务局网站认证打印的明细表中的销售额自动生成增值税申报表附表二的当期已认证进项税金。
然后根据当月出口商品销售额（FOB 价，非FOB 价格的要扣减运费保费之后计算）x 当月月初人民币汇率x （该商品征收率（17%）-该商品退税率）=该商品的不予退税的征退差，该数字计算填列入增值税申报附表二的第18拦。该数据必须等于出口退税申报系统中当月出口明细申报中产生的证退税之差。如果有小数点尾数差异，请以出口退税申报系统中的证退税之差为准。否则，无法通过国家税务局征收管理系统与出口退税系统对审。
注：在填写出口退税申报系统时要确定你的出口退税系统已经把海关商品码和海关商品退税率都升级到最新的版本。
2、根据当月抄税单和当月实际使用增值税普通发票金额计算填列（销售额=开票金额/1.17），税额=开票金额-销售额。以及不开票的销售额（其中包括视同销售部分）一并填列入增值税申报表附表一。免税销售额也需填列在下方（单不包括进行免抵退核算的出口销售额）
3、根据增值税附表一和附表二可直接生成增值税申报表主表，生成主表后需手工填列当月“免抵退‘核算的出口货物的销售额和本期
出口退税额。（这一步最容易遗忘，慎记）
4、 在网上都填列完增值税申报表的主表和附表一和附表二，请别立刻提交，先将报表打印下，进入出口退税系统。输入当月的出口货物明细及和当月单证（核销单和出口报关单，已办理出口退税二年并已在当地主管税务局办理过审核配置变更的企业可以不必同时提供核销单收齐手续，即只要收齐报关单就可以）收齐明细。进行明细申报后，再次核对附表二第18拦进行税转出是否等于当期出口退税不予抵扣的进项税转出金额，还需填写本期单证收齐的出口退税额。数据正确的，继续填写出口退税中的增值税申报表明细，填写后和对该报表项目生成的当期应纳税额或期末留低额（有多余的进项税结转下期抵扣）是否与增值税申报表主表相应的项目一致，如果一致，此时可以网上提交增值税申报的提交工作。
5、提交之后可以带上打印好的，抄税单，防伪税控专用发票汇总表和明细表以及作废明细表，进项税发票，申报表主表，附表二，附表一，税控IC 卡，增值税发票领购本，上期免抵退汇总表到所属局征收大厅进行增值税申报。主表和附表二为一式三份，其他均为一式二份。
6、完成申报后可将多出的一份主表及附表二附在当月出口退税申报表后进行出口退税申报。
1、根据当月已认证的增值税发票抵扣联和通过税务局网站认证打印的明细表中的销售额自动生成增值税申报表附表二的当期已认证进项税金。
然后根据当月出口商品销售额（FOB 价，非FOB 价格的要扣减运费保费之后计算）x 当月月初人民币汇率x （该商品征收率（17%）-该商品退税率）=该商品的不予退税的征退差，该数字计算填列入增值税申报附表二的第18拦。该数据必须等于出口退税申报系统中当月出口明细申报中产生的证退税之差。如果有小数点尾数差异，请以出口退税申报系统中的证退税之差为准。否则，无法通过国家税务局征收管理系统与出口退税系统对审。
注：在填写出口退税申报系统时要确定你的出口退税系统已经把海关商品码和海关商品退税率都升级到最新的版本。
2、根据当月抄税单和当月实际使用增值税普通发票金额计算填列（销售额=开票金额/1.17），税额=开票金额-销售额。以及不开票的销售额（其中包括视同销售部分）一并填列入增值税申报表附表一。免税销售额也需填列在下方（单不包括进行免抵退核算的出口销售额）
3、根据增值税附表一和附表二可直接生成增值税申报表主表，生成主表后需手工填列当月“免抵退‘核算的出口货物的销售额和本期
出口退税额。（这一步最容易遗忘，慎记）
4、 在网上都填列完增值税申报表的主表和附表一和附表二，请别立刻提交，先将报表打印下，进入出口退税系统。输入当月的出口货物明细及和当月单证（核销单和出口报关单，已办理出口退税二年并已在当地主管税务局办理过审核配置变更的企业可以不必同时提供核销单收齐手续，即只要收齐报关单就可以）收齐明细。进行明细申报后，再次核对附表二第18拦进行税转出是否等于当期出口退税不予抵扣的进项税转出金额，还需填写本期单证收齐的出口退税额。数据正确的，继续填写出口退税中的增值税申报表明细，填写后和对该报表项目生成的当期应纳税额或期末留低额（有多余的进项税结转下期抵扣）是否与增值税申报表主表相应的项目一致，如果一致，此时可以网上提交增值税申报的提交工作。
5、提交之后可以带上打印好的，抄税单，防伪税控专用发票汇总表和明细表以及作废明细表，进项税发票，申报表主表，附表二，附表一，税控IC 卡，增值税发票领购本，上期免抵退汇总表到所属局征收大厅进行增值税申报。主表和附表二为一式三份，其他均为一式二份。
6、完成申报后可将多出的一份主表及附表二附在当月出口退税申报表后进行出口退税申报。