在安全和作业管理及故障处置上存在问题。
(1)上海铁路局的问题。
上海铁路局安全生产责任制不落实，安全基础管理薄弱，执行应急管理规章制度、作业标准不严不细，对职工安全教育培训不力；相关单位(部门)安全管理不力，对职工履行岗位职责和遵章守规情况监督检查不到位；相关作业人员安全意识不强，在设备故障发生后，没有及时采取有效措施，未能起到可能避免事故发生或减轻事故损失的作用；上海铁路局有关负责人在事故抢险救援中指挥不妥当、处置不周全，在社会上造成不良影响。
(2)车务系统的问题。
一是调度所行车管理、应急处置不力。调度所列车调度员虽然不知道信号升级的情况，但未进一步了解电务人员维修下行三接近“红光带”情况和工务人员检查线路情况，未及时了解前行D3115次列车在下行三接近运行的详细情况，没有及时提醒D301次列车司机注意运行，违反了《铁路技术管理规程》和《高速铁路调度暂行规则》的有关规定；调度所值班负责人对有可能影响行车安全的突发情况处置不及时、处置措施不得力，对列车调度员没有及时提醒D301次列车司机的问题监控检查不力。
二是宁波车务段温州南站职工岗位责任制不落实，行车组织管理存在薄弱环节。温州南站值班员在发现D3212发车时上行出站信号机故障关闭、发现CTC终端显示与现场轨道电路占用状态不符等设备故障情况后，虽然不知道信号升级的情况，但未严格执行《上海铁路局行车簿填记标准》和《车机联控作业》的有关规定，没有及时与D301次列车执行车机联控；车站盯岗负责人在车站转为非常站控后，没有提醒行车室值班人员及时与区间运行列车有效执行车机联控。
三是宁波车务段对本单位和所属车站安全生产基础管理及行车业务工作指导不到位，对温州南站执行车机联控作业规章、制度、标准的情况监督检查不力。
四是运输处对调度所执行有关调度和安全生产规章、制度、标准情况监督、检查、指导不力，对车务系统专业监督、检查不到位。
(3)电务系统的问题。
一是杭州电务段温州车间和瓯海工区安全基础管理薄弱，组织开展职工安全教育培训不力。电务值班人员虽然不知道信号升级的情况，但没有认真履行岗位职责和严格执行作业标准，得知出现轨道电路故障后，未对永嘉站至温州南站下行三接近、温州南站至瓯海站上行一离去轨道电路故障登记停用即进行检查确认，未经登记联系就对除5829AG之外的轨道电路设备进行插拔更换，违反了《铁路信号维护规则》的有关规定；现场值班负责人对应急值守人员的违规行为未及时制止。
二是杭州电务段职工安全教育培训工作不到位，设备故障应急管理不力，对电务值班人员遵章守纪情况监管不到位。
三是电务处对电务系统职工安全教育培训不到位，设备故障应急管理责任和措施不落实，对电务值班人员遵章守纪情况和应急处置工作监督检查不力。
(4)工务系统的问题。
温州南线路工区有关人员未按照《铁路客运专线技术管理办法(试行)》(200－250km/h部分)的规定，向列车调度员申请上道检查的调度命令，擅自打开防护网通道门上道检查作业，属于违规作业行为。
在安全和作业管理及故障处置上存在问题。
(1)上海铁路局的问题。
上海铁路局安全生产责任制不落实，安全基础管理薄弱，执行应急管理规章制度、作业标准不严不细，对职工安全教育培训不力；相关单位(部门)安全管理不力，对职工履行岗位职责和遵章守规情况监督检查不到位；相关作业人员安全意识不强，在设备故障发生后，没有及时采取有效措施，未能起到可能避免事故发生或减轻事故损失的作用；上海铁路局有关负责人在事故抢险救援中指挥不妥当、处置不周全，在社会上造成不良影响。
(2)车务系统的问题。
一是调度所行车管理、应急处置不力。调度所列车调度员虽然不知道信号升级的情况，但未进一步了解电务人员维修下行三接近“红光带”情况和工务人员检查线路情况，未及时了解前行D3115次列车在下行三接近运行的详细情况，没有及时提醒D301次列车司机注意运行，违反了《铁路技术管理规程》和《高速铁路调度暂行规则》的有关规定；调度所值班负责人对有可能影响行车安全的突发情况处置不及时、处置措施不得力，对列车调度员没有及时提醒D301次列车司机的问题监控检查不力。
二是宁波车务段温州南站职工岗位责任制不落实，行车组织管理存在薄弱环节。温州南站值班员在发现D3212发车时上行出站信号机故障关闭、发现CTC终端显示与现场轨道电路占用状态不符等设备故障情况后，虽然不知道信号升级的情况，但未严格执行《上海铁路局行车簿填记标准》和《车机联控作业》的有关规定，没有及时与D301次列车执行车机联控；车站盯岗负责人在车站转为非常站控后，没有提醒行车室值班人员及时与区间运行列车有效执行车机联控。
三是宁波车务段对本单位和所属车站安全生产基础管理及行车业务工作指导不到位，对温州南站执行车机联控作业规章、制度、标准的情况监督检查不力。
四是运输处对调度所执行有关调度和安全生产规章、制度、标准情况监督、检查、指导不力，对车务系统专业监督、检查不到位。
(3)电务系统的问题。
一是杭州电务段温州车间和瓯海工区安全基础管理薄弱，组织开展职工安全教育培训不力。电务值班人员虽然不知道信号升级的情况，但没有认真履行岗位职责和严格执行作业标准，得知出现轨道电路故障后，未对永嘉站至温州南站下行三接近、温州南站至瓯海站上行一离去轨道电路故障登记停用即进行检查确认，未经登记联系就对除5829AG之外的轨道电路设备进行插拔更换，违反了《铁路信号维护规则》的有关规定；现场值班负责人对应急值守人员的违规行为未及时制止。
二是杭州电务段职工安全教育培训工作不到位，设备故障应急管理不力，对电务值班人员遵章守纪情况监管不到位。
三是电务处对电务系统职工安全教育培训不到位，设备故障应急管理责任和措施不落实，对电务值班人员遵章守纪情况和应急处置工作监督检查不力。
(4)工务系统的问题。
温州南线路工区有关人员未按照《铁路客运专线技术管理办法(试行)》(200－250km/h部分)的规定，向列车调度员申请上道检查的调度命令，擅自打开防护网通道门上道检查作业，属于违规作业行为。