北宋时期，约相当于日本平安中后期，藤原贵族全盛时期，其时承唐末五代之乱，中国社会文化遭受严重破坏，赵宋王朝完成统一大业后，政治上相对稳定，开始重建业已衰微的文化，社会文化整体处于复兴阶段。日本自平安末期正式废止遣唐使，停止大规模吸收海外文化后，本土的传统文化有了长足的发展。所以在北宋时期，中国没有赴日僧侣，只有商人频繁赴日；日本方面，则禁止日本国人私自渡海，只有得到特批的极少数巡礼僧侣入宋，而入宋僧侣也仅仅是为自己礼佛求法，在中国逗留时间很短。所以北宋时期，中日文化交流主要以商业贸易往来为主。
南宋时期，中国文化总体处于上升期，原有的文化得到了复兴和发展，宋学理学思想体系最终形成。日本的国内形势也发生了很大的变化，武士阶层登上了历史舞台，为南宋全新的文化特色所吸引。在有“武家栋梁”之称的平清盛门户开放、奖励海外贸易的政策鼓励下，两国商船的往来出现前所未有的频繁景象，僧侣随船往来，中日双方的佛教交流又开始走向兴盛。在交流过程中，日本开始进入佛教民族化的时期，创立了镰仓新佛教。日本临济宗成立并成为禅宗的主流，入宋僧侣在目的上不同于北宋的参拜巡礼，更多的是为嗣法而来。相对于北宋来说，南宋时期双方的交流具有全方位、多层次的特点，可以说是真正意义上的交流，对日本社会、文化的影响比北宋更大，在整个宋代的中日佛教交流中占有更为重要的地位。
宋朝灭亡，元朝成立。尚武的蒙古人改变了原先互利友好的中日关系，而以军事斗争为主。忽必烈要求日本无条件投降，并与1270年向日本发动进攻，却由于遭受暴风雨袭击而损失惨重，而随后的两次战争也由于部队之间的协调问题和台风袭击而失败。这几场战争使得中日关系降至冰点。在政治冷淡的同时，双方的经济发展和文化交流却繁盛依然，这一结论可以从两国商船往来年表中得到充分印证。由于元日通使关系的未曾建立，元日之间唯有商船得以通航。对于元朝来说，空前统一的局面开创了极其优越的贸易环境，并且采取了积极开放的对外政策，这样元朝的海外市场非常广阔；加之战争引起的仇日心理，元朝对日本商品的依赖程度比较低，这也就使得中国商人赴日热情不高，促成了元朝对日贸易的消极态度。但对于日本来说，由于跟高丽贸易受阻，中国几乎成为其唯一的海外市场，是其与世界联系的唯一窗口；而且日本上层社会对中国舶去品的需要达到了不可或缺的地步，多数日本武士阶层都以拥有“唐物”的多少作为衡量身份、财富和文化教养的标志，这也就造成了日本对元朝市场的依赖。总体来说，此时中日关系处于政冷经热，日本对外贸易以来中国市场。
明朝时期的中日关系围绕着加强海禁、打击倭寇骚扰等问题，随时进行着调整。明朝成立伊始，为了消灭元末残余势力，防止外敌入侵，曾经多次遣使日本，主动希望能够与日本恢复外交关系，用外交途径抑制倭寇入侵。但由于元朝对日本的军事行动以失败而告终，使得日本国内军事野心开始膨胀，地方割据势力日益强大，中央集权分散，倭寇猖獗得无法控制，这极大地影响了中日关系进展。1381年，明朝爆发谋反案件涉及日本亲王，皇帝朱元璋中断与日本的一切联系，使得中日关系瞬间降至冰点。随着1394年日本北朝武力统一全国，建立中央集权，倭寇的猖獗形势得到了缓解，加之日本商人对中日贸易的需求，使得日本向明朝派遣使团，中日重新建立了联系，开始商业往来。1408年，日本足立义持执政中断了与明朝的联系，究其原因，主要是因为此时日本各地大武士势力已经形成，他们反对幕府垄断与明朝的贸易。与此同时，倭寇对明朝东南沿海的骚扰日甚。在足立义持任将军的19年里，倭寇入侵东南沿海事件多达17起。1428年足立义教就任将军，开始组织遣明使团，并且对明朝进行朝贡，中日关系开始正常化。
由于明朝对日本的朝贡贸易限制比较严，不仅船数少，而且贡期长，远远满足不了日本方面的要求，故各大名、寺社经常为取得勘合，派船入明朝贡而剧烈地竞争着。这种竞争到后来终于发展成在宁波的拼杀事件——“争贡之役”。至17年后的嘉靖十八年(1539年)，日本国王源义晴复遣贡使硕鼎等人明朝贡，明朝虽勉强予以接待，宴赏如例，但仍强调“贡期
定以十年，贡使不过百名，贡船不过三只，违者阻回。” 1547年，源义晴再遣贡使周良等人贡时，则因贡期未到，贡船、人数均超过限额，而被阻在舟山群岛停泊了10个月，直至次年春天贡期到后，始准许入贡。此后，日本方面因大内义隆在1551年为其臣陶晴贤所杀，在纷乱中失去勘合，遂终止派遣贡船入明朝贡。
中日之间朝贡贸易关系终止后，中国东南沿海一带全面遭到倭寇的骚扰。这就是历史上所谓的“嘉靖倭患”。明朝政府展开了大规模的剿灭倭寇的战争。在这种情况下明朝下达了海禁令，但是中日的贸易需要却没有得到满足，于是日本商人开始大规模走私活动，走私活动屡禁不止，给中国人民造成了重大损失。1567年由于福建巡抚涂泽民的建议，明政府正式承认对东西两洋的通货贸易，解除了下海通商禁令。这对明政府来说是一个180度大转变，然而这对中日贸易依然没有产生很大的促进作用。加剧这种形势的是丰臣秀吉的侵略朝鲜战争。1592年（日本文禄元年、明万历二十年）四月，在朝鲜登陆的日军立即攻陷京城，几乎占领了朝鲜全国。因此，逃到义州的朝鲜王（宣祖李昖）向宗主国明朝求援。明朝也为此派出辽东的精锐部队，最后发展成长期战争。1598年，秀吉死，日军撤退，战争宣告结束。期间中日关系再度冷淡，但是期间许多中国商船即使冒风险也要逃避检查驶向日本，这种状况连绵不断。在日本德川家康政府十分鼓励这种贸易并加以保护，这时中日贸易又呈现复苏的态势。但是，1636年，日本进入锁国体制，所以明末至清代日中之间，并没有建立两国间的正式邦交关系，自始至终一直是只通过中国商船开到长崎港的单方面来航的方式而进行民间往来。
北宋时期，约相当于日本平安中后期，藤原贵族全盛时期，其时承唐末五代之乱，中国社会文化遭受严重破坏，赵宋王朝完成统一大业后，政治上相对稳定，开始重建业已衰微的文化，社会文化整体处于复兴阶段。日本自平安末期正式废止遣唐使，停止大规模吸收海外文化后，本土的传统文化有了长足的发展。所以在北宋时期，中国没有赴日僧侣，只有商人频繁赴日；日本方面，则禁止日本国人私自渡海，只有得到特批的极少数巡礼僧侣入宋，而入宋僧侣也仅仅是为自己礼佛求法，在中国逗留时间很短。所以北宋时期，中日文化交流主要以商业贸易往来为主。
南宋时期，中国文化总体处于上升期，原有的文化得到了复兴和发展，宋学理学思想体系最终形成。日本的国内形势也发生了很大的变化，武士阶层登上了历史舞台，为南宋全新的文化特色所吸引。在有“武家栋梁”之称的平清盛门户开放、奖励海外贸易的政策鼓励下，两国商船的往来出现前所未有的频繁景象，僧侣随船往来，中日双方的佛教交流又开始走向兴盛。在交流过程中，日本开始进入佛教民族化的时期，创立了镰仓新佛教。日本临济宗成立并成为禅宗的主流，入宋僧侣在目的上不同于北宋的参拜巡礼，更多的是为嗣法而来。相对于北宋来说，南宋时期双方的交流具有全方位、多层次的特点，可以说是真正意义上的交流，对日本社会、文化的影响比北宋更大，在整个宋代的中日佛教交流中占有更为重要的地位。
宋朝灭亡，元朝成立。尚武的蒙古人改变了原先互利友好的中日关系，而以军事斗争为主。忽必烈要求日本无条件投降，并与1270年向日本发动进攻，却由于遭受暴风雨袭击而损失惨重，而随后的两次战争也由于部队之间的协调问题和台风袭击而失败。这几场战争使得中日关系降至冰点。在政治冷淡的同时，双方的经济发展和文化交流却繁盛依然，这一结论可以从两国商船往来年表中得到充分印证。由于元日通使关系的未曾建立，元日之间唯有商船得以通航。对于元朝来说，空前统一的局面开创了极其优越的贸易环境，并且采取了积极开放的对外政策，这样元朝的海外市场非常广阔；加之战争引起的仇日心理，元朝对日本商品的依赖程度比较低，这也就使得中国商人赴日热情不高，促成了元朝对日贸易的消极态度。但对于日本来说，由于跟高丽贸易受阻，中国几乎成为其唯一的海外市场，是其与世界联系的唯一窗口；而且日本上层社会对中国舶去品的需要达到了不可或缺的地步，多数日本武士阶层都以拥有“唐物”的多少作为衡量身份、财富和文化教养的标志，这也就造成了日本对元朝市场的依赖。总体来说，此时中日关系处于政冷经热，日本对外贸易以来中国市场。
明朝时期的中日关系围绕着加强海禁、打击倭寇骚扰等问题，随时进行着调整。明朝成立伊始，为了消灭元末残余势力，防止外敌入侵，曾经多次遣使日本，主动希望能够与日本恢复外交关系，用外交途径抑制倭寇入侵。但由于元朝对日本的军事行动以失败而告终，使得日本国内军事野心开始膨胀，地方割据势力日益强大，中央集权分散，倭寇猖獗得无法控制，这极大地影响了中日关系进展。1381年，明朝爆发谋反案件涉及日本亲王，皇帝朱元璋中断与日本的一切联系，使得中日关系瞬间降至冰点。随着1394年日本北朝武力统一全国，建立中央集权，倭寇的猖獗形势得到了缓解，加之日本商人对中日贸易的需求，使得日本向明朝派遣使团，中日重新建立了联系，开始商业往来。1408年，日本足立义持执政中断了与明朝的联系，究其原因，主要是因为此时日本各地大武士势力已经形成，他们反对幕府垄断与明朝的贸易。与此同时，倭寇对明朝东南沿海的骚扰日甚。在足立义持任将军的19年里，倭寇入侵东南沿海事件多达17起。1428年足立义教就任将军，开始组织遣明使团，并且对明朝进行朝贡，中日关系开始正常化。
由于明朝对日本的朝贡贸易限制比较严，不仅船数少，而且贡期长，远远满足不了日本方面的要求，故各大名、寺社经常为取得勘合，派船入明朝贡而剧烈地竞争着。这种竞争到后来终于发展成在宁波的拼杀事件——“争贡之役”。至17年后的嘉靖十八年(1539年)，日本国王源义晴复遣贡使硕鼎等人明朝贡，明朝虽勉强予以接待，宴赏如例，但仍强调“贡期
定以十年，贡使不过百名，贡船不过三只，违者阻回。” 1547年，源义晴再遣贡使周良等人贡时，则因贡期未到，贡船、人数均超过限额，而被阻在舟山群岛停泊了10个月，直至次年春天贡期到后，始准许入贡。此后，日本方面因大内义隆在1551年为其臣陶晴贤所杀，在纷乱中失去勘合，遂终止派遣贡船入明朝贡。
中日之间朝贡贸易关系终止后，中国东南沿海一带全面遭到倭寇的骚扰。这就是历史上所谓的“嘉靖倭患”。明朝政府展开了大规模的剿灭倭寇的战争。在这种情况下明朝下达了海禁令，但是中日的贸易需要却没有得到满足，于是日本商人开始大规模走私活动，走私活动屡禁不止，给中国人民造成了重大损失。1567年由于福建巡抚涂泽民的建议，明政府正式承认对东西两洋的通货贸易，解除了下海通商禁令。这对明政府来说是一个180度大转变，然而这对中日贸易依然没有产生很大的促进作用。加剧这种形势的是丰臣秀吉的侵略朝鲜战争。1592年（日本文禄元年、明万历二十年）四月，在朝鲜登陆的日军立即攻陷京城，几乎占领了朝鲜全国。因此，逃到义州的朝鲜王（宣祖李昖）向宗主国明朝求援。明朝也为此派出辽东的精锐部队，最后发展成长期战争。1598年，秀吉死，日军撤退，战争宣告结束。期间中日关系再度冷淡，但是期间许多中国商船即使冒风险也要逃避检查驶向日本，这种状况连绵不断。在日本德川家康政府十分鼓励这种贸易并加以保护，这时中日贸易又呈现复苏的态势。但是，1636年，日本进入锁国体制，所以明末至清代日中之间，并没有建立两国间的正式邦交关系，自始至终一直是只通过中国商船开到长崎港的单方面来航的方式而进行民间往来。