第一部分:实验内容问题
一、 建库前
1. 分离时我们需要注意什么吗?
回答:分离时我们要小心吸取上清不能吸到中间的白细胞。移液枪不要碰到采血管。
2. 我们提取的DNA 浓度过高是什么原因导致的?
回答:正常提取的DNA 的浓度为0.1到0.3ng/ul,如果浓度太高可能是DNA 含有杂质可能是漂洗的时候没洗好,也有可能是样品问题,血浆分离时浆白细胞吸到血清中,细胞经高速离心时破裂细胞中的DNA 游离到血浆中导致DNA 浓度过高。
二、 建库及定量
1. 我们文库构建后浓度很低?
回答:文库构建浓度过低的因素很多,试剂没混匀、温度、操作问题、PCR 扩增前的晾干步骤没晾干或管壁含有酒精抑制PCR 的扩增等。解决:办法规范操作,晾干前观察管壁是否有酒精,控制温度在25度。
2. 接头污染了怎么办?
回答:接头污染可能是操作当造成的,我们要及时消毒台面,加接头是要注意换手套3-4 个换一次手套。
3. Qubit 定量不准确?
回答:仪器本身有一个精确度会产生一定差异,但这是可以在接受范围内的。但要注意每次测试样品前要校准曲线用同一次配的染色液。
4. 稀释方法的选择?
回答:我们先有两种混样方法,一种是先稀释后混样,另一种是先混样后稀释,对于Qubit 测出来的浓度采用后一种方法结果较好。
5. 样品的数据量不均一怎么办?
回答:样品结果的不均一是由于混样量不均一导致的,原因是浓度测的不准确,混样时没有将样品充分混匀导致的。解决办法:放置太久的样品重新定量,用震荡器或移液枪充分混匀。
三、 上机
1. 怎么知道ot 仪是否正常运行?
回答:ot 每次运行完后仪器会有一份这次试验ot 运行参数的文件(文件在关机后自动删除),通过查看运行的参数和图表对比正常运行的参数查看ot 是否正常运行。
2.ot 仪器程序不能正常运行?
回答:ot 仪器不能正常运行有可能是实验室温度太高了,导致ot 不能正常运行,要确室温保温度在20-25度。
3. 仪器清洗的时间有什么要求?
回答:仪器每天要水洗一次,一周氯洗一次,超过72小时未使用也要氯洗一次。
4. 清洗的芯片可以用固体配置的NaOH 吗?
回答:可以但要在配好后用o.45um 滤膜过滤才能使用,我们推荐用 sigma 的液态分子生物级的氢氧化钠。出事我们不负责。
5. 移液枪打汽泡不够细腻?
回答:打汽泡不够细腻是由于移液枪本身的冲击力不足导致的,没有什么解决的办法唯一的办法就是换枪,但枪头放置在液体的中心正对ep 管管低较好打出汽包。
6. Loading芯片时不小心打进气泡怎么办?
回答:打进气泡没有什么好的办法,只有重新加入试剂将气泡赶出来。
四、结果及数据分析
1. Loading 率很低怎么办?
回答:loading 率原因有很多,上样量不足,操作不当,ot 仪器运行不正常,文库定量不准,保存不当等,解决方法:重新定量文库,调整上样量和混样方法。监控实验室温度和ot 仪的温度,操作时注意不要把磁珠震起来或吸到磁珠,ot 完成后15分钟没有操作要重新离心。
2. 片段结果片段很短小于正常值150bp 左右?
回答:样品可能被污染了DNA 酶,导致DNA 样品降解了,解决办法:重新提取DNA 。
3.Loading 率高但有用的数据量不足?
回答:(1)首先观察芯片是否有异常,如果是芯片信号有缺损,形状边缘整齐形
状,颜色较蓝,怀疑芯片问题。
(2)芯片整块比较篮,颜色基本一致,颜色为浅蓝,这个可能是没用加酶或没加引物。
也可能是ot 模板制备失败。
4. 跟华大的数据分析比,优劣如何?
5. 是否可检测其它染色体异常?准确率如何?
回答:按照原理我们是可以得到所有染色体DNA 序列,但是由于其他染色体异常极其罕见,没有足够的样本来证明结果的可靠性,性染色体异常较常见但准确率达不到13、18、21三体的准确率。
6. 插件分析的原理和具体过程如何?
回答:三体原理:每一条染色体上的碱基数占整个基因组碱基数比值是一个定值,如果是三体则它占整个染色体的比值会上升。通过Z 值检验来确定三体准确性,我们首先将测序得到的数据(文件类型fastq )通过bowtie 序列比对软件将测序得到的序列比对到人类基因组上,找到每条序列的确切位置。计算每条常染色体占整个染色体的比值(这两个都是测序的来的数据,由于文库构建存在一定的GC 测序偏好性我们还要进行进行一个GC 校准),通过
7. 灰区的意义是什么?两次都在灰区如何处理?
灰度区划分是为了减少假阴性假阳性提高准确率。一次测序得到的数据量是一定的,经过数据分析的Z 值也是一定的,唯一解决的方法就是从头重做, 重新得到新的数据。
8. 如何减少灰区出现频率?
答:首先灰度区和实验操作无关,是随机出现的,一般一套试剂会出现5~10个。
9. 如果实验情况不好,能否从最后结果中分析出可能原因?如何分析?
实验结果我们一般关注的参数有loading 率、多克隆、read 的数量、read 数据均一性、低质量、片段长度….. 等信息。
10. 如何分析sn/tn的report 文件,以及下载的tn 版本的archive 压缩包里的文件。
11. 如果出现样本间的相互污染,如何从结果中发现?怎么解决?
答:样本之间的污染是无法从结果发现的,解决办法:严格按照SOP 操作,尽量避免出现污染。
第二部分:实验相关问题
一、 场地环境
1. 实验室分区?是否可以减少或增加?
回答:
(1) 我们一般要求为4个实验区,分别是试剂准备间、样本准备与文库制备区、
扩增与产物分析区,测序区。
(2) 如果要减少,可以去掉试剂准备间。
(3) 如果条件允许,可以增加样品接收和登记房间。
2. 实验室洁净度、通风、气压要求?
回答:
(1) PCR 实验室的洁净度要求。
(2) 各房间独立通风。
(3) 缓冲间为正压。样本提取房间为正压,扩增与产物分析区为负压,测序区
为负压。
3. 房间温湿度要求?达不到要求有什么影响,如何处理?
回答:
(1) 温度20~25度,湿度40%-60%。
(2) 温度过高影响仪器运行和实验结果。湿度过高影响仪器寿命。
(3) 温度过高增加降温措施,湿度过高增加干燥措施。
4. 房间及设备清洁和消毒?
回答:参考实验室实验室卫生管理规程。
5. 人员服装要求?
回答:参考实验室实验室卫生管理规程。
二、实验仪器和软件
1. 仪器是否有注册证?
DA8600仪器已通过CFDA 认证,注册时间为2014年。产品技术要求编号:国械注准[1**********]。产品注册编号: 国械注准[1**********]。生产许可证号: 粤食药监械生产许20040999号。
2. 系统和软件是否定时升级更新?如何更新?
并无定时更新。系统升级由试剂的更新决定。软件的更新升级有两种情况,一种是在系统升级后进行软件升级;另一种是生物信息部门推出了进一步优化,或者增加功能的软件版本后进行更新升级。系统和软件升级的完成参照操作文档来做。
3. 仪器的保修期多长,如何计算?
从装机完成之日开始计算,一年时间。
4. 在培训完成后,仪器出问题如何处理?
答:仪器出现问题,客户首先联系我们公司相应的负责人,然后由我们公司联系相应的厂家,由我们公司和原厂家一起处理好相关的仪器售后问题。
三、实验试剂和耗材
1. 试剂是否已注册?
答:我们的NIPT 试剂已在CFDA 注册,试剂注册证:[1**********]。
2. 是否有其它包装的试剂?
3. 耗材包是否可单独购买?
4.qubit 试剂与无创试剂的人份比例是多少?
5. 当出现试剂问题时,如何确认?赔偿方案如何?
第三部分:其它问题
一、 人员
1. 驻点人员的水平如何?
回答:驻点人员出来之前,至少经过三个月的培训,加上在广州达瑞实验室的三个月实操经验。组长具有更多的经验。
2. 培训时长需要多久?
集中培训下,培训完成一般需要1-2个月时间。
3. 是否可以派人到达瑞学习?是否收费?
回答:如果已签订合同,在提前预约好之后,可以派人到广州达瑞NIPT 实验室进行1周到2个月时长的学习,并不收取培训费用。旅费自行解决。在达瑞实习
生宿舍有空位的情况下,可提供1-2个住宿位(类似大学集体宿舍)。
4. 实验出现问题时,技术支持人员能否到现场解决问题?是否收费?
二、报告
1. 填写无创申请单和保险单要注意些什么?
回答:申请单和保险书写要规范字迹清晰信息真实可靠,必填的项目一定要勾选或填写。孕周大于26周的需填写知情同意。
2. 如果有异体输血干细胞治疗…等不能做吗?
回答:是的,不过离治疗有一定的时间也是可以做的,具体时间查看申请单,如果符合对结果无影响。
3. 我们需要采多少血?
回答:我们需要7-10ml 的全血,用EDTA 抗凝管或专业用采血管。
4. 溶血了怎么办?
回答:将溶血的样品等记,通知孕妇重新采血。
5. 收样的注意事项:
(1)样本采集要求:
由医院医生或护士按照外周采血标准采集8-10 mL(使用Streck Cell-Free DNA BCT 采血管或Ardent 采血管)孕妇的外周血;EDTA 抗凝管采集完后,轻微颠倒采血管10次,立即分离或将采血管放入4℃冰箱中暂存(不超过8h ,EDTA 抗凝管不适合用于运输);Streck Cell-Free DNA BCT 采血管和Ardent 管采血后立即缓慢的颠倒10 次使血液与管内成分混匀,15-30℃保存。
(2)样本保存要求:
EDTA 抗凝管采血后立即分离或将采血管放入4℃-8℃冰箱中暂存(不超过8h )并及时送检,分离后血浆-25℃至-15℃保存送检(或干冰条件下运输);Streck Cell-Free DNA BCT 采血管和Ardent 管采血后常温(15-30℃)保存,及时送检,或72小时内完成血浆分离,分离后血浆-25℃至-15℃保存送检(或干冰条件下运输)。
(3)接收后编号,严格核对样本编号、确保编号唯一,勿搞混样品。
(4)注意不同采血管血浆分离的时间要求,避免样品过期导致溶血。
(5)全血样本检查是否溶血或凝血:
6. 出报告对人员资质有什么要求?对医院实验室资质有什么要求?
答:
7. 如果医院没有试点资质,应该如何处理报告、保险单、知情同意书问题? 答:一、以达安临检的名义发报告;
二、公司和医院以科研服务的形式,出具科研报告;
三、公司、其它产品、其它部门
1. 跟优生优育相关的产品有哪些?
答:NIPT 、PGS 、PGD 、STR 、产新筛。
2. 哪些产品你们公司是做得比较完善的?哪些是在国内市场中比较新的? 答:
3. 你们公司成立多长时间?发展如何?在各地业务分布情况如何?
答:
4. 你们部门主要负责什么?跟科研部门有什么关系?
答:主要负责NGS 平台项目售后技术培训服务,科研部门负责我们技术部门新产品和现有产品更新优化的技术培训。
第一部分:实验内容问题
一、 建库前
1. 分离时我们需要注意什么吗?
回答:分离时我们要小心吸取上清不能吸到中间的白细胞。移液枪不要碰到采血管。
2. 我们提取的DNA 浓度过高是什么原因导致的?
回答:正常提取的DNA 的浓度为0.1到0.3ng/ul,如果浓度太高可能是DNA 含有杂质可能是漂洗的时候没洗好,也有可能是样品问题,血浆分离时浆白细胞吸到血清中,细胞经高速离心时破裂细胞中的DNA 游离到血浆中导致DNA 浓度过高。
二、 建库及定量
1. 我们文库构建后浓度很低?
回答:文库构建浓度过低的因素很多,试剂没混匀、温度、操作问题、PCR 扩增前的晾干步骤没晾干或管壁含有酒精抑制PCR 的扩增等。解决:办法规范操作,晾干前观察管壁是否有酒精,控制温度在25度。
2. 接头污染了怎么办?
回答:接头污染可能是操作当造成的,我们要及时消毒台面,加接头是要注意换手套3-4 个换一次手套。
3. Qubit 定量不准确?
回答:仪器本身有一个精确度会产生一定差异,但这是可以在接受范围内的。但要注意每次测试样品前要校准曲线用同一次配的染色液。
4. 稀释方法的选择?
回答:我们先有两种混样方法,一种是先稀释后混样,另一种是先混样后稀释,对于Qubit 测出来的浓度采用后一种方法结果较好。
5. 样品的数据量不均一怎么办?
回答:样品结果的不均一是由于混样量不均一导致的,原因是浓度测的不准确,混样时没有将样品充分混匀导致的。解决办法:放置太久的样品重新定量,用震荡器或移液枪充分混匀。
三、 上机
1. 怎么知道ot 仪是否正常运行?
回答:ot 每次运行完后仪器会有一份这次试验ot 运行参数的文件(文件在关机后自动删除),通过查看运行的参数和图表对比正常运行的参数查看ot 是否正常运行。
2.ot 仪器程序不能正常运行?
回答:ot 仪器不能正常运行有可能是实验室温度太高了,导致ot 不能正常运行,要确室温保温度在20-25度。
3. 仪器清洗的时间有什么要求?
回答:仪器每天要水洗一次,一周氯洗一次,超过72小时未使用也要氯洗一次。
4. 清洗的芯片可以用固体配置的NaOH 吗?
回答:可以但要在配好后用o.45um 滤膜过滤才能使用,我们推荐用 sigma 的液态分子生物级的氢氧化钠。出事我们不负责。
5. 移液枪打汽泡不够细腻?
回答:打汽泡不够细腻是由于移液枪本身的冲击力不足导致的,没有什么解决的办法唯一的办法就是换枪,但枪头放置在液体的中心正对ep 管管低较好打出汽包。
6. Loading芯片时不小心打进气泡怎么办?
回答:打进气泡没有什么好的办法,只有重新加入试剂将气泡赶出来。
四、结果及数据分析
1. Loading 率很低怎么办?
回答:loading 率原因有很多,上样量不足,操作不当,ot 仪器运行不正常,文库定量不准,保存不当等,解决方法:重新定量文库,调整上样量和混样方法。监控实验室温度和ot 仪的温度,操作时注意不要把磁珠震起来或吸到磁珠,ot 完成后15分钟没有操作要重新离心。
2. 片段结果片段很短小于正常值150bp 左右?
回答:样品可能被污染了DNA 酶,导致DNA 样品降解了,解决办法:重新提取DNA 。
3.Loading 率高但有用的数据量不足?
回答:(1)首先观察芯片是否有异常,如果是芯片信号有缺损,形状边缘整齐形
状,颜色较蓝,怀疑芯片问题。
(2)芯片整块比较篮,颜色基本一致,颜色为浅蓝,这个可能是没用加酶或没加引物。
也可能是ot 模板制备失败。
4. 跟华大的数据分析比,优劣如何?
5. 是否可检测其它染色体异常?准确率如何?
回答:按照原理我们是可以得到所有染色体DNA 序列,但是由于其他染色体异常极其罕见,没有足够的样本来证明结果的可靠性,性染色体异常较常见但准确率达不到13、18、21三体的准确率。
6. 插件分析的原理和具体过程如何?
回答:三体原理:每一条染色体上的碱基数占整个基因组碱基数比值是一个定值,如果是三体则它占整个染色体的比值会上升。通过Z 值检验来确定三体准确性,我们首先将测序得到的数据(文件类型fastq )通过bowtie 序列比对软件将测序得到的序列比对到人类基因组上,找到每条序列的确切位置。计算每条常染色体占整个染色体的比值(这两个都是测序的来的数据,由于文库构建存在一定的GC 测序偏好性我们还要进行进行一个GC 校准),通过
7. 灰区的意义是什么?两次都在灰区如何处理?
灰度区划分是为了减少假阴性假阳性提高准确率。一次测序得到的数据量是一定的,经过数据分析的Z 值也是一定的,唯一解决的方法就是从头重做, 重新得到新的数据。
8. 如何减少灰区出现频率?
答:首先灰度区和实验操作无关,是随机出现的,一般一套试剂会出现5~10个。
9. 如果实验情况不好,能否从最后结果中分析出可能原因?如何分析?
实验结果我们一般关注的参数有loading 率、多克隆、read 的数量、read 数据均一性、低质量、片段长度….. 等信息。
10. 如何分析sn/tn的report 文件,以及下载的tn 版本的archive 压缩包里的文件。
11. 如果出现样本间的相互污染,如何从结果中发现?怎么解决?
答:样本之间的污染是无法从结果发现的,解决办法:严格按照SOP 操作,尽量避免出现污染。
第二部分:实验相关问题
一、 场地环境
1. 实验室分区?是否可以减少或增加?
回答:
(1) 我们一般要求为4个实验区,分别是试剂准备间、样本准备与文库制备区、
扩增与产物分析区,测序区。
(2) 如果要减少,可以去掉试剂准备间。
(3) 如果条件允许,可以增加样品接收和登记房间。
2. 实验室洁净度、通风、气压要求?
回答:
(1) PCR 实验室的洁净度要求。
(2) 各房间独立通风。
(3) 缓冲间为正压。样本提取房间为正压,扩增与产物分析区为负压,测序区
为负压。
3. 房间温湿度要求?达不到要求有什么影响,如何处理?
回答:
(1) 温度20~25度,湿度40%-60%。
(2) 温度过高影响仪器运行和实验结果。湿度过高影响仪器寿命。
(3) 温度过高增加降温措施,湿度过高增加干燥措施。
4. 房间及设备清洁和消毒?
回答:参考实验室实验室卫生管理规程。
5. 人员服装要求?
回答:参考实验室实验室卫生管理规程。
二、实验仪器和软件
1. 仪器是否有注册证?
DA8600仪器已通过CFDA 认证,注册时间为2014年。产品技术要求编号:国械注准[1**********]。产品注册编号: 国械注准[1**********]。生产许可证号: 粤食药监械生产许20040999号。
2. 系统和软件是否定时升级更新?如何更新?
并无定时更新。系统升级由试剂的更新决定。软件的更新升级有两种情况,一种是在系统升级后进行软件升级;另一种是生物信息部门推出了进一步优化,或者增加功能的软件版本后进行更新升级。系统和软件升级的完成参照操作文档来做。
3. 仪器的保修期多长,如何计算?
从装机完成之日开始计算,一年时间。
4. 在培训完成后,仪器出问题如何处理?
答:仪器出现问题,客户首先联系我们公司相应的负责人,然后由我们公司联系相应的厂家,由我们公司和原厂家一起处理好相关的仪器售后问题。
三、实验试剂和耗材
1. 试剂是否已注册?
答:我们的NIPT 试剂已在CFDA 注册,试剂注册证:[1**********]。
2. 是否有其它包装的试剂?
3. 耗材包是否可单独购买?
4.qubit 试剂与无创试剂的人份比例是多少?
5. 当出现试剂问题时,如何确认?赔偿方案如何?
第三部分:其它问题
一、 人员
1. 驻点人员的水平如何?
回答:驻点人员出来之前,至少经过三个月的培训,加上在广州达瑞实验室的三个月实操经验。组长具有更多的经验。
2. 培训时长需要多久?
集中培训下,培训完成一般需要1-2个月时间。
3. 是否可以派人到达瑞学习?是否收费?
回答:如果已签订合同,在提前预约好之后,可以派人到广州达瑞NIPT 实验室进行1周到2个月时长的学习,并不收取培训费用。旅费自行解决。在达瑞实习
生宿舍有空位的情况下,可提供1-2个住宿位(类似大学集体宿舍)。
4. 实验出现问题时,技术支持人员能否到现场解决问题?是否收费?
二、报告
1. 填写无创申请单和保险单要注意些什么?
回答:申请单和保险书写要规范字迹清晰信息真实可靠,必填的项目一定要勾选或填写。孕周大于26周的需填写知情同意。
2. 如果有异体输血干细胞治疗…等不能做吗?
回答:是的,不过离治疗有一定的时间也是可以做的,具体时间查看申请单,如果符合对结果无影响。
3. 我们需要采多少血?
回答:我们需要7-10ml 的全血,用EDTA 抗凝管或专业用采血管。
4. 溶血了怎么办?
回答:将溶血的样品等记,通知孕妇重新采血。
5. 收样的注意事项:
(1)样本采集要求:
由医院医生或护士按照外周采血标准采集8-10 mL(使用Streck Cell-Free DNA BCT 采血管或Ardent 采血管)孕妇的外周血;EDTA 抗凝管采集完后,轻微颠倒采血管10次,立即分离或将采血管放入4℃冰箱中暂存(不超过8h ,EDTA 抗凝管不适合用于运输);Streck Cell-Free DNA BCT 采血管和Ardent 管采血后立即缓慢的颠倒10 次使血液与管内成分混匀,15-30℃保存。
(2)样本保存要求:
EDTA 抗凝管采血后立即分离或将采血管放入4℃-8℃冰箱中暂存(不超过8h )并及时送检,分离后血浆-25℃至-15℃保存送检(或干冰条件下运输);Streck Cell-Free DNA BCT 采血管和Ardent 管采血后常温(15-30℃)保存,及时送检,或72小时内完成血浆分离,分离后血浆-25℃至-15℃保存送检(或干冰条件下运输)。
(3)接收后编号,严格核对样本编号、确保编号唯一,勿搞混样品。
(4)注意不同采血管血浆分离的时间要求,避免样品过期导致溶血。
(5)全血样本检查是否溶血或凝血:
6. 出报告对人员资质有什么要求?对医院实验室资质有什么要求?
答:
7. 如果医院没有试点资质,应该如何处理报告、保险单、知情同意书问题? 答:一、以达安临检的名义发报告;
二、公司和医院以科研服务的形式,出具科研报告;
三、公司、其它产品、其它部门
1. 跟优生优育相关的产品有哪些?
答:NIPT 、PGS 、PGD 、STR 、产新筛。
2. 哪些产品你们公司是做得比较完善的?哪些是在国内市场中比较新的? 答:
3. 你们公司成立多长时间?发展如何?在各地业务分布情况如何?
答:
4. 你们部门主要负责什么?跟科研部门有什么关系?
答:主要负责NGS 平台项目售后技术培训服务,科研部门负责我们技术部门新产品和现有产品更新优化的技术培训。