一．设坛
修持药师如来法门之行者，应于佛坛上安置药师琉璃光如来圣像．必须恭敬，清洁，不可亵渎．
佛前设香炉，两边安置供奉鲜花水果之瓶器，于前整齐排放四十九盏油灯，七盏亦可．
二．礼敬
焚香三柱，燃灯
顶礼一拜，念诵：南无常住十方佛
顶礼一拜，念诵：南无常住十方法
顶礼一拜，念诵：南无常住十方僧
顶礼三拜，念诵：南无本师释迦摩尼佛（一拜一称名号）
顶礼三拜，念诵：南无药师琉璃光如来（一拜一称名号）
三．赞叹
礼敬拜毕，于佛前合掌长跪，唱赞偈：
皈命满月界，净妙琉璃尊．
法药救人天，因中十二愿．
慈悲弘誓广，愿度众含生．
我今申赞扬，志心头面礼．
四．供养
赞叹唱诵完毕，于佛前合掌长跪，唱诵供养偈：
愿此香花云，遍满十方界．
一一诸佛土，无量香庄严．
具足菩萨道，成就如来香．
五，忏悔
起立，顶礼一拜，再焚香三柱，唱诵忏悔偈：
弟子某某，今于药师琉璃光如来前，发愿忏悔：
我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴．
从身语意之所生，一切我今皆忏悔．
忏悔偈唱诵完毕之后，行者可自行述说自己将忏悔之内容．
六．诵经
读诵＜药师琉璃光如来本愿经＞．
七．持名
先唱诵赞偈：
药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦．
无边行愿利有请，各遂所求皆不退．
南无东方琉璃光世界，药师琉璃光如来．
接着持念＂南无药师琉璃光如来＂名号一百零八遍．
八，持咒与观想
行者顶礼三拜上座：诵药师琉璃光如来真言．
先诵大咒三遍：诵咒时，即观想自己心际上有一轮明月，由顶穴而出，住于对面虚空上有一金黄色之咒轮，放出无量光芒，照射一切人，病苦皆除，受安隐乐．
咒文：南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
再诵小咒一百零八遍：
咒文：嗡，虎鲁，虎鲁，战孥里，摩登耆．莎诃．
诵咒与观想宜于坐中进行，当按七支坐法安坐．
九．回向发愿
弟子某某，愿将所修功德，悉将回向．．．与法界众生．愿消三障，福慧增长，诸事遂顺，同证菩提．
十．下座
焚香，顶礼三拜．即可下座出坛
一．设坛
修持药师如来法门之行者，应于佛坛上安置药师琉璃光如来圣像．必须恭敬，清洁，不可亵渎．
佛前设香炉，两边安置供奉鲜花水果之瓶器，于前整齐排放四十九盏油灯，七盏亦可．
二．礼敬
焚香三柱，燃灯
顶礼一拜，念诵：南无常住十方佛
顶礼一拜，念诵：南无常住十方法
顶礼一拜，念诵：南无常住十方僧
顶礼三拜，念诵：南无本师释迦摩尼佛（一拜一称名号）
顶礼三拜，念诵：南无药师琉璃光如来（一拜一称名号）
三．赞叹
礼敬拜毕，于佛前合掌长跪，唱赞偈：
皈命满月界，净妙琉璃尊．
法药救人天，因中十二愿．
慈悲弘誓广，愿度众含生．
我今申赞扬，志心头面礼．
四．供养
赞叹唱诵完毕，于佛前合掌长跪，唱诵供养偈：
愿此香花云，遍满十方界．
一一诸佛土，无量香庄严．
具足菩萨道，成就如来香．
五，忏悔
起立，顶礼一拜，再焚香三柱，唱诵忏悔偈：
弟子某某，今于药师琉璃光如来前，发愿忏悔：
我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴．
从身语意之所生，一切我今皆忏悔．
忏悔偈唱诵完毕之后，行者可自行述说自己将忏悔之内容．
六．诵经
读诵＜药师琉璃光如来本愿经＞．
七．持名
先唱诵赞偈：
药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦．
无边行愿利有请，各遂所求皆不退．
南无东方琉璃光世界，药师琉璃光如来．
接着持念＂南无药师琉璃光如来＂名号一百零八遍．
八，持咒与观想
行者顶礼三拜上座：诵药师琉璃光如来真言．
先诵大咒三遍：诵咒时，即观想自己心际上有一轮明月，由顶穴而出，住于对面虚空上有一金黄色之咒轮，放出无量光芒，照射一切人，病苦皆除，受安隐乐．
咒文：南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
再诵小咒一百零八遍：
咒文：嗡，虎鲁，虎鲁，战孥里，摩登耆．莎诃．
诵咒与观想宜于坐中进行，当按七支坐法安坐．
九．回向发愿
弟子某某，愿将所修功德，悉将回向．．．与法界众生．愿消三障，福慧增长，诸事遂顺，同证菩提．
十．下座
焚香，顶礼三拜．即可下座出坛