丹溪在《格致余论》中有两大名论，除了上述阳有余阴不足论外，就是相火论，它是丹溪学说中的主旨理论之一，对后世影响较为深远。
丹溪的相火论，就其内容来看有两种含义：一是指正常的阳气之动，所谓天主生物，故恒于动，人有此生，亦恒于动，其所以恒于动，皆相火之为也。而且这种阳气之动即相火，对自然界、对人类均起着巨大的推动作用，所谓天非此火不能生物，人非此火不能有生。这种相火，丹溪是从理学太极动静立论的，天人感应，在于天，泛指生阳之气，或六气之火，在于人，含有生气之原的意思，是脏腑之本，经脉之根，呼吸之门，三焦之原。另一是指五志妄动，成为邪火，即思想为物欲所感，五志化火。丹溪指出：火起于妄，变化莫测，无时不有，煎熬真阴，阴虚则病，阴绝则死。这种相火，是阴虚火旺的邪火--元气之贼，即后世所谓的龙雷之火。一词二义，一言正，一言邪，统称相火。
关于相火之为邪火，内容远不止上述这些，丹溪设为问答，继续发挥说，相火天人之所同。《内经》病机十九条，而属火者五，皆相火为病之出于脏腑者，如诸热瞀瘛、诸禁鼓、诸逆冲上、诸躁狂越、诸病跗肿等。又《原病式》云：诸风掉眩属于肝，是风之动；诸气愤郁病痿属于肺，是火之升；诸湿肿满属于脾，是火之胜；诸痛痒疮属于心，是火之用，亦皆相火之为病，见于五脏者。这些火证，都是刘河间论五运六气为病的内容，再与上文综合而观，则丹溪的相火论，就不仅仅是肝肾的阴虚火旺，而且包括五脏六气之火，如他所谓：前者为人欲之火，后者为天造之火(《局方发挥·论相火》)。关于这一点，往往为人们所忽略。总之，丹溪的相火论具有两重性，丹溪提出二种治法，一种是从理学观点出发处理相火，即要求人心听命乎道心，而又能主之以静，彼五火之动皆中节，相火惟有裨补造化，以为生生不息之运用耳，何贼之有?盖相火藏于肝肾阴分，君火不妄动，相火惟有禀命守位而已，焉有燔灼之虚炎，飞走之狂热也哉(《格致余论·房中补益论》)。这是要求修身养性，从思想上下功夫，以理智克服欲念，使五志不妄动。另一种是用药物治疗相火的方法，推广河间、子和、东垣诸氏之法。刘、张成功之处，在于降心火，升肾水(即用寒凉药泻火，火去则肾水自生)，东垣之成就，是泻水中之火。总之是补水泻火，这是相火论中提出的治疗原则。在《丹溪心法·火门》中，论治主要分别虚实，与《相火论》精神是完全一致的，其附录即是该书之文。认为实火可泻，用黄连解毒之类，虚火可补，用人参、白术、生甘草之类(《医学正传》)。凡火盛者，不可骤用凉药，必兼温散，如风寒外受之邪化火以及郁火，皆须发散方法乃佳，又如人 ·壮气实，火盛甚至发狂者，可用正治方法，如大黄、芒硝、冰片之类，反之，人体虚而火盛，有虚狂者则不能正治，若用寒凉，其病立危。所以阴虚火动较为难治，朱氏倡用补阴降火法，药如炒黄柏、生地黄之类，或四物汤加炒黄柏、炙龟板之类，临床用之多获效。
在《丹溪心法．补损》门中，更突出地反映了丹溪滋阴降火的成就。此门罗列25方，其中有大补丸、补阴丸、济阴丸、补虚丸、补。肾丸以及三补丸、五补丸等共计22方。其典型方剂如大补丸，药用黄柏、知母、熟地、龟板，有降阴火、补肾水之功。余如补阴丸有7方，亦以黄柏、龟板为主药，配伍知母、熟地、当归、白芍、牛膝、侧柏、黄连等，三补丸有5方，其中4方是用黄芩、黄连、黄柏、栀子，配以龟板、生地、白芍等，甚至一味黄柏亦名大补丸。
但在运用时，并不单方使用，而是气虚以补气药下，血虚以补血药下，其余方剂，亦遵从这个要旨，或佐陈皮，或佐干姜，或加砂仁，或加香附，甚至加人参、白术等等，在滋阴降火的同时，时时注意保护胃气，使清滋不碍脾运，苦寒不伤胃气，这是丹溪功力独到之处。
丹溪在《格致余论·序》中认为，湿热相火，为病甚多，试推论之，如中风之病，有湿土生痰，痰生热，热生风者，有阴虚火热，热胜风动者。至于治疗，认为子和用三法，有的系邪气卒中，痰盛实热者可用。所以痰壅盛者用吐法去风疾；阴虚火热者宜滋阴降火，用四物汤加牛膝、竹沥、黄芩、黄柏；有痰者需加祛痰药。又如喘证，有火炎者宜降心火，清肺金，甚至用导水丸(大黄、黄芩、牵牛子末、滑石)治之．。如阴虚挟痰喘者用四物汤加枳壳、半夏以补阴降火。理气化痰。又如咳嗽，夏季是火气炎上，宜重用芩、连以清金化痰降火。干咳乃痰郁其火，邪在中，用苦桔梗开之。在下用补阴降火之剂，四物汤加炒黄柏、竹沥之类。上半日金嗽者属胃中有火，用贝母、石膏降胃火。午后嗽多者属阴虚，必用四物汤加炒黄柏、知母降火。又如吐血，是阳盛阴虚，血不得下行。因火炎上之势而上出者，宜用山栀清胃脘之血。吐血觉胸中气塞，上吐紫血者用桃仁承气汤下之。若阴虚火动，多先吐红，后见痰嗽，以四物汤加祛痰清火药。吐血挟痰，积吐一二碗者亦只补阴降火，四物汤加泻火剂之类。但挟痰而用止血药则泥而不行，只要治火则血止，因吐血因于火病。如虚火上浮，不宜于滋降者，可用从治法，以交趾桂为末，冷水调服。大吐红不止，亦可用炮干姜末加童便调服。又如发热，伤寒寒热当用表散，发热恶寒亦宜解表，但伤寒热甚而渴，表解里实，
丹溪在《格致余论》中有两大名论，除了上述阳有余阴不足论外，就是相火论，它是丹溪学说中的主旨理论之一，对后世影响较为深远。
丹溪的相火论，就其内容来看有两种含义：一是指正常的阳气之动，所谓天主生物，故恒于动，人有此生，亦恒于动，其所以恒于动，皆相火之为也。而且这种阳气之动即相火，对自然界、对人类均起着巨大的推动作用，所谓天非此火不能生物，人非此火不能有生。这种相火，丹溪是从理学太极动静立论的，天人感应，在于天，泛指生阳之气，或六气之火，在于人，含有生气之原的意思，是脏腑之本，经脉之根，呼吸之门，三焦之原。另一是指五志妄动，成为邪火，即思想为物欲所感，五志化火。丹溪指出：火起于妄，变化莫测，无时不有，煎熬真阴，阴虚则病，阴绝则死。这种相火，是阴虚火旺的邪火--元气之贼，即后世所谓的龙雷之火。一词二义，一言正，一言邪，统称相火。
关于相火之为邪火，内容远不止上述这些，丹溪设为问答，继续发挥说，相火天人之所同。《内经》病机十九条，而属火者五，皆相火为病之出于脏腑者，如诸热瞀瘛、诸禁鼓、诸逆冲上、诸躁狂越、诸病跗肿等。又《原病式》云：诸风掉眩属于肝，是风之动；诸气愤郁病痿属于肺，是火之升；诸湿肿满属于脾，是火之胜；诸痛痒疮属于心，是火之用，亦皆相火之为病，见于五脏者。这些火证，都是刘河间论五运六气为病的内容，再与上文综合而观，则丹溪的相火论，就不仅仅是肝肾的阴虚火旺，而且包括五脏六气之火，如他所谓：前者为人欲之火，后者为天造之火(《局方发挥·论相火》)。关于这一点，往往为人们所忽略。总之，丹溪的相火论具有两重性，丹溪提出二种治法，一种是从理学观点出发处理相火，即要求人心听命乎道心，而又能主之以静，彼五火之动皆中节，相火惟有裨补造化，以为生生不息之运用耳，何贼之有?盖相火藏于肝肾阴分，君火不妄动，相火惟有禀命守位而已，焉有燔灼之虚炎，飞走之狂热也哉(《格致余论·房中补益论》)。这是要求修身养性，从思想上下功夫，以理智克服欲念，使五志不妄动。另一种是用药物治疗相火的方法，推广河间、子和、东垣诸氏之法。刘、张成功之处，在于降心火，升肾水(即用寒凉药泻火，火去则肾水自生)，东垣之成就，是泻水中之火。总之是补水泻火，这是相火论中提出的治疗原则。在《丹溪心法·火门》中，论治主要分别虚实，与《相火论》精神是完全一致的，其附录即是该书之文。认为实火可泻，用黄连解毒之类，虚火可补，用人参、白术、生甘草之类(《医学正传》)。凡火盛者，不可骤用凉药，必兼温散，如风寒外受之邪化火以及郁火，皆须发散方法乃佳，又如人 ·壮气实，火盛甚至发狂者，可用正治方法，如大黄、芒硝、冰片之类，反之，人体虚而火盛，有虚狂者则不能正治，若用寒凉，其病立危。所以阴虚火动较为难治，朱氏倡用补阴降火法，药如炒黄柏、生地黄之类，或四物汤加炒黄柏、炙龟板之类，临床用之多获效。
在《丹溪心法．补损》门中，更突出地反映了丹溪滋阴降火的成就。此门罗列25方，其中有大补丸、补阴丸、济阴丸、补虚丸、补。肾丸以及三补丸、五补丸等共计22方。其典型方剂如大补丸，药用黄柏、知母、熟地、龟板，有降阴火、补肾水之功。余如补阴丸有7方，亦以黄柏、龟板为主药，配伍知母、熟地、当归、白芍、牛膝、侧柏、黄连等，三补丸有5方，其中4方是用黄芩、黄连、黄柏、栀子，配以龟板、生地、白芍等，甚至一味黄柏亦名大补丸。
但在运用时，并不单方使用，而是气虚以补气药下，血虚以补血药下，其余方剂，亦遵从这个要旨，或佐陈皮，或佐干姜，或加砂仁，或加香附，甚至加人参、白术等等，在滋阴降火的同时，时时注意保护胃气，使清滋不碍脾运，苦寒不伤胃气，这是丹溪功力独到之处。
丹溪在《格致余论·序》中认为，湿热相火，为病甚多，试推论之，如中风之病，有湿土生痰，痰生热，热生风者，有阴虚火热，热胜风动者。至于治疗，认为子和用三法，有的系邪气卒中，痰盛实热者可用。所以痰壅盛者用吐法去风疾；阴虚火热者宜滋阴降火，用四物汤加牛膝、竹沥、黄芩、黄柏；有痰者需加祛痰药。又如喘证，有火炎者宜降心火，清肺金，甚至用导水丸(大黄、黄芩、牵牛子末、滑石)治之．。如阴虚挟痰喘者用四物汤加枳壳、半夏以补阴降火。理气化痰。又如咳嗽，夏季是火气炎上，宜重用芩、连以清金化痰降火。干咳乃痰郁其火，邪在中，用苦桔梗开之。在下用补阴降火之剂，四物汤加炒黄柏、竹沥之类。上半日金嗽者属胃中有火，用贝母、石膏降胃火。午后嗽多者属阴虚，必用四物汤加炒黄柏、知母降火。又如吐血，是阳盛阴虚，血不得下行。因火炎上之势而上出者，宜用山栀清胃脘之血。吐血觉胸中气塞，上吐紫血者用桃仁承气汤下之。若阴虚火动，多先吐红，后见痰嗽，以四物汤加祛痰清火药。吐血挟痰，积吐一二碗者亦只补阴降火，四物汤加泻火剂之类。但挟痰而用止血药则泥而不行，只要治火则血止，因吐血因于火病。如虚火上浮，不宜于滋降者，可用从治法，以交趾桂为末，冷水调服。大吐红不止，亦可用炮干姜末加童便调服。又如发热，伤寒寒热当用表散，发热恶寒亦宜解表，但伤寒热甚而渴，表解里实，