1998年
1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了《关于国务院机构改革方案的决定》。改革的目标是：建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制。
改革的原则是：按照社会主义市场经济的要求，转变政府职能，实现政企分开；按照精简、统一、效能的原则，调整政府组织结构，实行精兵简政；按照权责一致的原则，调整政府部门的职责权限，明确划分部门之间职责分工，完善行政运行机制；按照依法治国、依法行政的要求，加强行政体系的法制建设。 1998年改革的目的与目标高度协调。推进社会主义市场经济发展是目的，尽快结束专业经济部门直接管理企业的体制是目标。1998年改革历史性的进步是，政府职能转变有了重大进展，其突出体现是撤销了几乎所有的工业专业经济部门，共10个：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、地质矿产部、林业部、中国轻工业总会、中国纺织总会。这样，政企不分的组织基础在很大程度上得以消除。众多的工业专业经济部门是计划经济时代的产物，在当时的历史条件下，这些工业专业经济部门可以说是资源配置的载体，是落实经济计划的依托。但是在建立社会主义市场经济体制的过程中，这类部门的存在不利于充分发挥市场在资源配置中的基础作用，不利于充分发挥企业的微观经济主体地位。在一定意义上说，撤销工业专业经济部门就是取消了国家与企业之间的“二道贩子”，消除了政企不分的组织堡垒。
根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委。包括：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、国内贸易部、邮电部、劳动部、广播电影电视部、地质矿产部、林业部、国家体育运动委员会、国防科学技术工业委员会（组建新的国防科学技术工业委员会，将原国防科工委管理国防工业的职能、国家计委国防司的职能以及各军工总公司承担的政府职能，统归新组建的国防科学技术工业委员会管理）、国家经济体制改革委员会（为了加强国务院对经济体制改革工作的领导，国家经济体制改革委员会改为国务院高层次的议事机构，总理兼主任，有关部长任成员，不再列入国务院组成部门序列）。 新组建的有4个部、委：国防科学技术工业委员会、信息产业部、劳动和社会保障部、国土资源部。
更名的有3个部、委：国家计划委员会更名为国家发展计划委员会；科学技术委员会更名为科学技术部；国家教育委员会更名为教育部。
保留的有22个部、委、行、署：外交部、国防部、国家经济贸易委员会、民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人事部、建设部、铁道部、交通部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、中国人民银行、审计署。
改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。包括国家政务部门12个：外交部、国防部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、国家民族事务委员会、民政部、司法部、公安部、国家安全部、监察部、审计署；宏观调控部门4个：国家发展计划委员会、国家经济贸易委员会、财政部、中国人民银行；专业经济管理部门8个：建设部、铁道部、交通部、信息产业部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、国防科学技术工业委员会；教育科技文化、社会保障和资源管理部门5个：教育部、科学技术部、人事部、劳动和社会
保障部、国土资源部。
从1998年开始，国务院机构改革首先进行，随后中共中央各部门和其它国家机关及群众团体的机构改革陆续展开；1999年以后，省级政府和党委的机构改革分别展开；2000年，市县乡机构改革全面启动。截至2002年6月，经过四年半的机构改革，全国各级党政群机关共精简行政编制115万人。
2003年
2003年的政府机构改革，是在加入世贸组织的大背景之下进行的。3月6日，国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模的机构改革。3月10日，十届全国人大一次会议第三次全体会议通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案特别提出了“决策、执行、监督”三权相协调的要求。除国务院办公厅外，国务院29个组成部门经过改革调整为28个，不再保留国家经贸委和外经贸部，其职能并入新组建的商务部。
改革的目的是：进一步转变政府职能，改进管理方式，推进电子政务，提高行政效率，降低行政成本。改革目标是，逐步形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制。改革的重点是，深化国有资产管理体制改革，完善宏观调控体系，健全金融监管体制，继续推进流通体制改革，加强食品安全和安全生产监管体制建设。这次改革重大的历史进步，在于抓住当时社会经济发展阶段的突出问题，进一步转变政府职能。
根据方案，国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会（简称“发展改革委”），其任务是研究拟订经济和社会发展政策，进行总量平衡，指导总体经济体制改革；设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），以指导推进国有企业改革和重组；设立中国银行业监督管理委员会（简称“银监会”），以加强金融监管，确保金融机构安全、稳健、高效运行；组建商务部，推进流通体制改革；国家药品监督管理局重组为国家食品药品监督管理局，原属于国家经贸委管理的国家安全生产监督管理局改为国务院直属机构，同时，将国家计划生育委员会更名为国家人口和计划生育委员会。
2008年
2008年3月15日，十一届全国人大一次会议听取了华建敏关于国务院机构改革方案的说明，3月15日，会议通过关于国务院机构改革方案的决定，批准了这个方案。
国务院机构改革是深化行政管理体制改革的重要组成部分。按照精简统一效能的原则和决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的要求，着力优化组织结构，规范机构设置，完善运行机制，为全面建设小康社会提供组织保障。深化行政管理体制改革的总体目标是，到2020年建立起比较完善的中国特色社会主义行政管理体制。
国务院机构改革方案主要内容包括：
（一）合理配置宏观调控部门职能。国家发展和改革委员会要进一步转变职能，减少微观管理事务和具体审批事项，集中精力抓好宏观调控。财政部要改革完善预算和税政管理，健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，完善公共财政体系。中国人民银行要进一步健全货币政策体系，加强与金融监管部门的统筹协调，维护国家金融安全。国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行等部门要建立健全协调机制，形成更加完善的宏观调控体系。
（二）加强能源管理机构。设立高层次议事协调机构国家能源委员会。组建国家能源局，由国家发展和改革委员会管理。将国家发展和改革委员会的能源行业管理有关职责及机构，与国家能源领导小组办公室的职责、国防科学技术工业委员会的核电管理职责进行整合，划入该局。国家能源委员会办公室的工作由国家能源局承担。不再保留国家能源领导小组及其办事机构。
（三）组建工业和信息化部。将国家发展和改革委员会的工业行业管理有关职责，国防科学技术工业委员会核电管理以外的职责，信息产业部和国务院信息化工作办公室的职责，整合划入工业和信息化部。组建国家国防科技工业局，由工业和信息化部管理。国家烟草专卖局改由工业和信息化部管理。不再保留国防科学技术工业委员会、信息产业部、国务院信息化工作办公室。
（四）组建交通运输部。将交通部、中国民用航空总局的职责，建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。组建国家民用航空局，由交通运输部管理。国家邮政局改由交通运输部管理。保留铁道部，继续推进改革。不再保留交通部、中国民用航空总局。
（五）组建人力资源和社会保障部。将人事部、劳动和社会保障部的职责整合划入人力资源和社会保障部。组建国家公务员局，由人力资源和社会保障部管理。不再保留人事部、劳动和社会保障部。
（六）组建环境保护部。不再保留国家环境保护总局。
（七）组建住房和城乡建设部。不再保留建设部。
（八）国家食品药品监督管理局改由卫生部管理。明确卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。
改革后，除国务院办公厅外，国务院组成部门设置27个。这次国务院改革涉及调整变动的机构共15个，正部级机构减少4个。
这次改革突出了三个重点：一是加强和改善宏观调控，促进科学发展；二是着眼于保障和改善民生，加强社会管理和公共服务；三是按照探索职能有机统一的大部门体制要求，对一些职能相近的部门进行整合，实行综合设置，理顺部门职责关系。
2013年
2013年2月28日，全会通过的《国务院机构改革和职能转变方案》，贯彻党的十八大关于建立中国特色社会主义行政体制目标的要求，以职能转变为核心，继续简政放权、推进机构改革、完善制度机制、提高行政效能，稳步推进大部门制改革，对减少和下放投资审批事项、减少和下放生产经营活动审批事项、减少资质资格许可和认定、减少专项转移支付和收费、减少部门职责交叉和分散、改革工商登记制度、改革社会组织管理制度、改善和加强宏观管理、加强基础性制度建设、加强依法行政等作出重大部署。
两会新华网快讯：2013年3月14日，十二届全国人大一次会议表决通过了关于国务院机构改革和职能转变方案的决定，批准了这个方案。
这次国务院机构改革，重点围绕转变职能和理顺职责关系，稳步推进大部门制改革，实行铁路政企分开，整合加强卫生和计划生育、食品药品、新闻出版和广播电影电视、海洋、能源管理机构。
（一）实行铁路政企分开。将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部。组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责。组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责。
不再保留铁道部。
（二）组建国家卫生和计划生育委员会。
将国家人口和计划生育委员会的研究拟订人口发展战略、规划及人口政策职责划入国家发展和改革委员会。国家中医药管理局由国家卫生和计划生育委员会管理。 不再保留卫生部、国家人口和计划生育委员会。
（三）组建国家食品药品监督管理总局。
保留国务院食品安全委员会，具体工作由国家食品药品监督管理总局承担。国家食品药品监督管理总局加挂国务院食品安全委员会办公室牌子。
新组建的国家卫生和计划生育委员会负责食品安全风险评估和食品安全标准制定。农业部负责农产品质量安全监督管理。将商务部的生猪定点屠宰监督管理职责划入农业部。不再保留国家食品药品监督管理局和单设的国务院食品安全委员会办公室。
（四）组建国家新闻出版广电总局。
不再保留国家广播电影电视总局、国家新闻出版总署。
（五）重新组建国家海洋局。
为加强海洋事务的统筹规划和综合协调，设立高层次议事协调机构国家海洋委员会，负责研究制定国家海洋发展战略，统筹协调海洋重大事项。国家海洋委员会的具体工作由国家海洋局承担。为推进海上统一执法，提高执法效能，国家海洋局以中国海警局名义开展海上维权执法，接受公安部业务指导。
（六）重新组建国家能源局。
不再保留国家电力监管委员会
这次改革，国务院正部级机构减少4个，其中组成部门减少2个，副部级机构增减相抵数量不变。改革后，除国务院办公厅外，国务院设置组成部门25个
1998年
1998年3月10日，九届全国人大一次会议审议通过了《关于国务院机构改革方案的决定》。改革的目标是：建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系，完善国家公务员制度，建设高素质的专业化行政管理队伍，逐步建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制。
改革的原则是：按照社会主义市场经济的要求，转变政府职能，实现政企分开；按照精简、统一、效能的原则，调整政府组织结构，实行精兵简政；按照权责一致的原则，调整政府部门的职责权限，明确划分部门之间职责分工，完善行政运行机制；按照依法治国、依法行政的要求，加强行政体系的法制建设。 1998年改革的目的与目标高度协调。推进社会主义市场经济发展是目的，尽快结束专业经济部门直接管理企业的体制是目标。1998年改革历史性的进步是，政府职能转变有了重大进展，其突出体现是撤销了几乎所有的工业专业经济部门，共10个：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、地质矿产部、林业部、中国轻工业总会、中国纺织总会。这样，政企不分的组织基础在很大程度上得以消除。众多的工业专业经济部门是计划经济时代的产物，在当时的历史条件下，这些工业专业经济部门可以说是资源配置的载体，是落实经济计划的依托。但是在建立社会主义市场经济体制的过程中，这类部门的存在不利于充分发挥市场在资源配置中的基础作用，不利于充分发挥企业的微观经济主体地位。在一定意义上说，撤销工业专业经济部门就是取消了国家与企业之间的“二道贩子”，消除了政企不分的组织堡垒。
根据改革方案，国务院不再保留的有15个部、委。包括：电力工业部、煤炭工业部、冶金工业部、机械工业部、电子工业部、化学工业部、国内贸易部、邮电部、劳动部、广播电影电视部、地质矿产部、林业部、国家体育运动委员会、国防科学技术工业委员会（组建新的国防科学技术工业委员会，将原国防科工委管理国防工业的职能、国家计委国防司的职能以及各军工总公司承担的政府职能，统归新组建的国防科学技术工业委员会管理）、国家经济体制改革委员会（为了加强国务院对经济体制改革工作的领导，国家经济体制改革委员会改为国务院高层次的议事机构，总理兼主任，有关部长任成员，不再列入国务院组成部门序列）。 新组建的有4个部、委：国防科学技术工业委员会、信息产业部、劳动和社会保障部、国土资源部。
更名的有3个部、委：国家计划委员会更名为国家发展计划委员会；科学技术委员会更名为科学技术部；国家教育委员会更名为教育部。
保留的有22个部、委、行、署：外交部、国防部、国家经济贸易委员会、民族事务委员会、公安部、国家安全部、监察部、民政部、司法部、财政部、人事部、建设部、铁道部、交通部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、中国人民银行、审计署。
改革后除国务院办公厅外，国务院组成部门由原有的40个减少到29个。包括国家政务部门12个：外交部、国防部、文化部、卫生部、国家计划生育委员会、国家民族事务委员会、民政部、司法部、公安部、国家安全部、监察部、审计署；宏观调控部门4个：国家发展计划委员会、国家经济贸易委员会、财政部、中国人民银行；专业经济管理部门8个：建设部、铁道部、交通部、信息产业部、水利部、农业部、对外贸易经济合作部、国防科学技术工业委员会；教育科技文化、社会保障和资源管理部门5个：教育部、科学技术部、人事部、劳动和社会
保障部、国土资源部。
从1998年开始，国务院机构改革首先进行，随后中共中央各部门和其它国家机关及群众团体的机构改革陆续展开；1999年以后，省级政府和党委的机构改革分别展开；2000年，市县乡机构改革全面启动。截至2002年6月，经过四年半的机构改革，全国各级党政群机关共精简行政编制115万人。
2003年
2003年的政府机构改革，是在加入世贸组织的大背景之下进行的。3月6日，国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模的机构改革。3月10日，十届全国人大一次会议第三次全体会议通过了关于国务院机构改革方案的决定。方案特别提出了“决策、执行、监督”三权相协调的要求。除国务院办公厅外，国务院29个组成部门经过改革调整为28个，不再保留国家经贸委和外经贸部，其职能并入新组建的商务部。
改革的目的是：进一步转变政府职能，改进管理方式，推进电子政务，提高行政效率，降低行政成本。改革目标是，逐步形成行为规范、运转协调、公正透明、廉洁高效的行政管理体制。改革的重点是，深化国有资产管理体制改革，完善宏观调控体系，健全金融监管体制，继续推进流通体制改革，加强食品安全和安全生产监管体制建设。这次改革重大的历史进步，在于抓住当时社会经济发展阶段的突出问题，进一步转变政府职能。
根据方案，国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会（简称“发展改革委”），其任务是研究拟订经济和社会发展政策，进行总量平衡，指导总体经济体制改革；设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），以指导推进国有企业改革和重组；设立中国银行业监督管理委员会（简称“银监会”），以加强金融监管，确保金融机构安全、稳健、高效运行；组建商务部，推进流通体制改革；国家药品监督管理局重组为国家食品药品监督管理局，原属于国家经贸委管理的国家安全生产监督管理局改为国务院直属机构，同时，将国家计划生育委员会更名为国家人口和计划生育委员会。
2008年
2008年3月15日，十一届全国人大一次会议听取了华建敏关于国务院机构改革方案的说明，3月15日，会议通过关于国务院机构改革方案的决定，批准了这个方案。
国务院机构改革是深化行政管理体制改革的重要组成部分。按照精简统一效能的原则和决策权、执行权、监督权既相互制约又相互协调的要求，着力优化组织结构，规范机构设置，完善运行机制，为全面建设小康社会提供组织保障。深化行政管理体制改革的总体目标是，到2020年建立起比较完善的中国特色社会主义行政管理体制。
国务院机构改革方案主要内容包括：
（一）合理配置宏观调控部门职能。国家发展和改革委员会要进一步转变职能，减少微观管理事务和具体审批事项，集中精力抓好宏观调控。财政部要改革完善预算和税政管理，健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，完善公共财政体系。中国人民银行要进一步健全货币政策体系，加强与金融监管部门的统筹协调，维护国家金融安全。国家发展和改革委员会、财政部、中国人民银行等部门要建立健全协调机制，形成更加完善的宏观调控体系。
（二）加强能源管理机构。设立高层次议事协调机构国家能源委员会。组建国家能源局，由国家发展和改革委员会管理。将国家发展和改革委员会的能源行业管理有关职责及机构，与国家能源领导小组办公室的职责、国防科学技术工业委员会的核电管理职责进行整合，划入该局。国家能源委员会办公室的工作由国家能源局承担。不再保留国家能源领导小组及其办事机构。
（三）组建工业和信息化部。将国家发展和改革委员会的工业行业管理有关职责，国防科学技术工业委员会核电管理以外的职责，信息产业部和国务院信息化工作办公室的职责，整合划入工业和信息化部。组建国家国防科技工业局，由工业和信息化部管理。国家烟草专卖局改由工业和信息化部管理。不再保留国防科学技术工业委员会、信息产业部、国务院信息化工作办公室。
（四）组建交通运输部。将交通部、中国民用航空总局的职责，建设部的指导城市客运职责，整合划入交通运输部。组建国家民用航空局，由交通运输部管理。国家邮政局改由交通运输部管理。保留铁道部，继续推进改革。不再保留交通部、中国民用航空总局。
（五）组建人力资源和社会保障部。将人事部、劳动和社会保障部的职责整合划入人力资源和社会保障部。组建国家公务员局，由人力资源和社会保障部管理。不再保留人事部、劳动和社会保障部。
（六）组建环境保护部。不再保留国家环境保护总局。
（七）组建住房和城乡建设部。不再保留建设部。
（八）国家食品药品监督管理局改由卫生部管理。明确卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。
改革后，除国务院办公厅外，国务院组成部门设置27个。这次国务院改革涉及调整变动的机构共15个，正部级机构减少4个。
这次改革突出了三个重点：一是加强和改善宏观调控，促进科学发展；二是着眼于保障和改善民生，加强社会管理和公共服务；三是按照探索职能有机统一的大部门体制要求，对一些职能相近的部门进行整合，实行综合设置，理顺部门职责关系。
2013年
2013年2月28日，全会通过的《国务院机构改革和职能转变方案》，贯彻党的十八大关于建立中国特色社会主义行政体制目标的要求，以职能转变为核心，继续简政放权、推进机构改革、完善制度机制、提高行政效能，稳步推进大部门制改革，对减少和下放投资审批事项、减少和下放生产经营活动审批事项、减少资质资格许可和认定、减少专项转移支付和收费、减少部门职责交叉和分散、改革工商登记制度、改革社会组织管理制度、改善和加强宏观管理、加强基础性制度建设、加强依法行政等作出重大部署。
两会新华网快讯：2013年3月14日，十二届全国人大一次会议表决通过了关于国务院机构改革和职能转变方案的决定，批准了这个方案。
这次国务院机构改革，重点围绕转变职能和理顺职责关系，稳步推进大部门制改革，实行铁路政企分开，整合加强卫生和计划生育、食品药品、新闻出版和广播电影电视、海洋、能源管理机构。
（一）实行铁路政企分开。将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部。组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责。组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责。
不再保留铁道部。
（二）组建国家卫生和计划生育委员会。
将国家人口和计划生育委员会的研究拟订人口发展战略、规划及人口政策职责划入国家发展和改革委员会。国家中医药管理局由国家卫生和计划生育委员会管理。 不再保留卫生部、国家人口和计划生育委员会。
（三）组建国家食品药品监督管理总局。
保留国务院食品安全委员会，具体工作由国家食品药品监督管理总局承担。国家食品药品监督管理总局加挂国务院食品安全委员会办公室牌子。
新组建的国家卫生和计划生育委员会负责食品安全风险评估和食品安全标准制定。农业部负责农产品质量安全监督管理。将商务部的生猪定点屠宰监督管理职责划入农业部。不再保留国家食品药品监督管理局和单设的国务院食品安全委员会办公室。
（四）组建国家新闻出版广电总局。
不再保留国家广播电影电视总局、国家新闻出版总署。
（五）重新组建国家海洋局。
为加强海洋事务的统筹规划和综合协调，设立高层次议事协调机构国家海洋委员会，负责研究制定国家海洋发展战略，统筹协调海洋重大事项。国家海洋委员会的具体工作由国家海洋局承担。为推进海上统一执法，提高执法效能，国家海洋局以中国海警局名义开展海上维权执法，接受公安部业务指导。
（六）重新组建国家能源局。
不再保留国家电力监管委员会
这次改革，国务院正部级机构减少4个，其中组成部门减少2个，副部级机构增减相抵数量不变。改革后，除国务院办公厅外，国务院设置组成部门25个